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FreeBSD Ports: Biology

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生物学に関連するソフトウェア。

CheckM-1.0.12
Quality assessment tool for the microbial genomes
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FastTree-2.1.10_2
Approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments
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GroopM-0.3.4
Metagenomic binning suite
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InsightToolkit-4.13.0_4
Insight Toolkit
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必要なもの: binutils-2.30_6,1, ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, fftw-2.1.5_18, gcc7-7.4.0, gdcm-2.8.8, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, googletest-1.8.1, hdf-szip-2.1_2, hdf5-1.10.2, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, jsoncpp-1.8.1_4, lcms2-2.9, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, ninja-1.8.2,2, openjpeg-2.3.0_2, png-1.6.35, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5, tiff-4.0.10
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MOOSE-neural-simulator-3.1.2_5
Multiphysics Object Oriented Simulation Environment
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必要なもの: atk-2.28.1, avahi-app-0.7_2, bash-4.4.23_1, binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cblas-1.0_9, cmake-3.13.1, cups-2.2.8_1, curl-7.62.0, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gcc7-7.4.0, gdbm-1.18.1, gdk-pixbuf2-2.36.12, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, graphite2-1.3.12, graphviz-2.40.1_6, gsl-2.5_1, gstreamer-0.10.36_6, gstreamer-plugins-0.10.36_11,3, gtk-update-icon-cache-2.24.32, gtk2-2.24.32, harfbuzz-2.2.0, hdf-szip-2.1_2, hdf5-1.10.2, hicolor-icon-theme-0.15, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, jsoncpp-1.8.1_4, lapack-3.5.0_5, lcms-1.19_6,1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXScrnSaver-1.2.3_2, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXcomposite-0.4.4_5,1, libXcursor-1.1.15_2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXfontcache-1.0.5_5, libXft-2.3.2_3, libXi-1.7.9_2,1, libXinerama-1.1.4_2,1, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXv-1.0.11_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libarchive-3.3.3,1, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libglade2-2.6.4_9, libiconv-1.14_11, libidn2-2.0.5_1, libltdl-2.4.6, liblz4-1.8.3,1, libmng-1.0.10_3, libnghttp2-1.35.0, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libsbml-5.17.0, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libuv-1.24.0, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, lzo2-2.10_1, mesa-libs-18.1.9_4, metis-5.1.0_5, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, nettle-3.4.1, openblas-0.2.20_6,1, orc-0.4.25, p11-kit-0.23.14, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, pixman-0.34.0_1, png-1.6.35, py27-backports-1, py27-backports.functools_lru_cache-1.5, py27-backports_abc-0.5, py27-cairo-1.14.1, py27-dateutil-2.7.3, py27-decorator-4.3.0, py27-futures-3.2.0, py27-gobject-2.28.6_8, py27-gtk2-2.24.0_5, py27-matplotlib-2.1.2_4, py27-networkx-2.1, py27-numpy-1.15.4,1, py27-pygraphviz-1.3.1, py27-pyparsing-2.3.0, py27-qt4-core-4.12.1_8,1, py27-qt4-gui-4.12.1_4,1, py27-qt4-test-4.12.1_4,1, py27-scikit-sparse-0.4.4, py27-singledispatch-3.4.0.3_1, py27-sip-4.19.8_1,1, py27-six-1.11.0, py27-suds-jurko-0.6, py27-tornado-5.1.1, py36-cycler-0.10.0, py36-pytz-2018.7,1, py36-scipy-1.1.0_1, py36-yaml-3.13, py37-setuptools-40.6.2, py37-tkinter-3.7.1_6, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, qscintilla2-2.10.4_2,1, qt4-assistant-4.8.7_1, qt4-clucene-4.8.7_2, qt4-corelib-4.8.7_14, qt4-declarative-4.8.7_2, qt4-designer-4.8.7_1, qt4-doc-4.8.7_1, qt4-gui-4.8.7_6, qt4-help-4.8.7_2, qt4-iconengines-4.8.7_2, qt4-imageformats-4.8.7_2, qt4-inputmethods-4.8.7_2, qt4-network-4.8.7_10, qt4-opengl-4.8.7_3, qt4-qt3support-4.8.7_2, qt4-script-4.8.7_3, qt4-sql-4.8.7_3, qt4-sqlite-plugin-4.8.7_4, qt4-svg-4.8.7_2, qt4-testlib-4.8.7_2, qt4-webkit-4.8.7_3, qt4-xml-4.8.7_2, qt4-xmlpatterns-4.8.7_2, qtchooser-66, readline-7.0.5, rhash-1.3.5, shared-mime-info-1.8, sqlite3-3.26.0, suitesparse-5.2.0_1, tcl86-8.6.9, tiff-4.0.10, tk86-8.6.9, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xdg-utils-1.1.1, xmlcatmgr-2.2_2, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4, xprop-1.2.3, xset-1.2.4_2
ここにも含まれています: Science

afni-2015.11.13_7
Advanced Functional Neuro Imaging
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: R-3.5.1_3, avahi-app-0.7_2, binutils-2.30_6,1, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cups-2.2.8_1, curl-7.62.0, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, endian-1.1, expat-2.2.6_1, f2c-20060810_6, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gcc7-7.4.0, gdbm-1.18.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gettext-tools-0.19.8.1_1, ghostscript9-agpl-base-9.25_1, glib-2.56.3_1,1, gmake-4.2.1_3, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, graphite2-1.3.12, gsl-2.5_1, harfbuzz-2.2.0, hdf-szip-2.1_2, hdf5-1.10.2, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, jasper-1.900.1_17, jbig2dec-0.15, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, lcms2-2.9, libGLU-9.0.0_3, libGLw-8.0.0_3, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXScrnSaver-1.2.3_2, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXi-1.7.9_2,1, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libiconv-1.14_11, libidn-1.34_1, libidn2-2.0.5_1, libijs-0.35_5, libnghttp2-1.35.0, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, m4-1.4.18_1,1, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mpc-1.1.0_2, mpeg_encode-1.5b, mpfr-4.0.1_2, netcdf-4.6.1_1, netcdf-fortran-4.4.4_6, netpbm-10.84.04, nettle-3.4.1, open-motif-2.3.8, openjpeg-2.3.0_2, openmp-7.0.0, p11-kit-0.23.14, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, poppler-data-0.4.9, python27-2.7.15, python36-3.6.7, qhull5-1.0_3, readline-7.0.5, tcl86-8.6.9, tiff-4.0.10, tk86-8.6.9, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, wayland-1.16.0, xbitmaps-1.1.2, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Science, Graphics

artemis-17.0.1.11
DNA sequence viewer and annotation tool
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保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: alsa-lib-1.1.2_2, bash-4.4.23_1, dejavu-2.37, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libfontenc-1.1.3_3, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, openjdk8-8.192.26_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Java

avida-2.12.4
Auto-adaptive genetic system designed for ALife research
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, ninja-1.8.2,2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5

babel-1.6_4
様々な分子ファイルのフォーマット間で変換をおこなうプログラム
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: ports@FreeBSD.org
ここにも含まれています: Converters

bamtools-2.5.1
API and toolkit for handling BAM files
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, ninja-1.8.2,2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5

bcftools-1.9
Tools for manipulating next-generation sequencing data
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: cartwright@asu.edu
必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, ca_root_nss-3.40.1, curl-7.62.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, gsl-2.5_1, htslib-1.9, indexinfo-0.3.1, libnghttp2-1.35.0, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3

bedtools-2.27.1_1
Toolset for genome set arithmetic such as intersect, union
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, python27-2.7.15, readline-7.0.5

biococoa-2.2.2_5
Bioinformatics framework
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: theraven@FreeBSD.org
必要なもの: avahi-app-0.7_2, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cups-2.2.8_1, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, expat-2.2.6_1, flac-1.3.2, flite-1.4_2, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gdbm-1.18.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, gmake-4.2.1_3, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnustep-back-0.25.1_2, gnustep-base-1.25.0_7, gnustep-gui-0.25.1_7, gnustep-make-2.7.0_2, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libGLU-9.0.0_3, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXcursor-1.1.15_2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libao-1.2.0_3, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libgcrypt-1.8.4_1, libgpg-error-1.32_1, libiconv-1.14_11, libidn2-2.0.5_1, libobjc2-1.8.1_2, libogg-1.3.3,4, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libsndfile-1.0.28_1, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libvorbis-1.3.6,3, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, libxslt-1.1.32, mesa-libs-18.1.9_4, nettle-3.4.1, p11-kit-0.23.14, pciids-20181113, pcre-8.42, pixman-0.34.0_1, png-1.6.35, python27-2.7.15, python36-3.6.7, readline-7.0.5, tiff-4.0.10, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, wayland-1.16.0, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Gnustep

bowtie-1.1.2_7
Ultrafast, memory-efficient short read aligner
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, perl5-5.26.3, python27-2.7.15, readline-7.0.5

bowtie2-2.3.3.1_2
Ultrafast, memory-efficient short read aligner
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, perl5-5.26.3, python27-2.7.15, readline-7.0.5, tbb-2019.1

bwa-0.7.17
Burrows-Wheeler sequence aligner
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, perl5-5.26.3

canu-1.8
Single molecule sequence assembler
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: ORBit2-2.14.19_2, alsa-lib-1.1.2_2, atk-2.28.1, avahi-app-0.7_2, binutils-2.30_6,1, boost-libs-1.68.0_3, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cups-2.2.8_1, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, dconf-0.28.0, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gcc7-7.4.0, gconf2-3.2.6_5, gdbm-1.18.1, gdk-pixbuf2-2.36.12, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, gmake-4.2.1_3, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnuplot-5.2.5, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, graphite2-1.3.12, gstreamer-0.10.36_6, gstreamer-plugins-0.10.36_11,3, gtk-update-icon-cache-2.24.32, gtk2-2.24.32, harfbuzz-2.2.0, hicolor-icon-theme-0.15, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libGLU-9.0.0_3, libICE-1.0.9_3,1, libIDL-0.8.14_4, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXcomposite-0.4.4_5,1, libXcursor-1.1.15_2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXi-1.7.9_2,1, libXinerama-1.1.4_2,1, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libXv-1.0.11_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libedit-3.1.20170329_2,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libiconv-1.14_11, libidn2-2.0.5_1, libmspack-0.5, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, lua53-5.3.5, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, nettle-3.4.1, nspr-4.20, openjdk8-8.192.26_1, orc-0.4.25, p11-kit-0.23.14, pango-1.42.4, pangox-compat-0.0.2_2, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, png-1.6.35, polkit-0.114_1, python27-2.7.15, python36-3.6.7, readline-7.0.5, shared-mime-info-1.8, spidermonkey52-52.9.0, tex-kpathsea-6.2.1_2, tiff-4.0.10, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, wx28-gtk2-2.8.12_7, wx28-gtk2-common-2.8.12_7, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Java, Perl5

cd-hit-4.6.6_4
Clustering and comparing protein or nucleotide sequences
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2

cdbfasta-2010.07.22
Fast indexing and retrieval of FASTA records from flat file databases
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

chemeq-1.50_2
化学反応の LaTeX のコードを出力する
詳しい説明 | 変更点
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: bison-3.2.2,1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, m4-1.4.18_1,1
ここにも含まれています: Textproc

clustal-omega-1.2.4
Multiple alignment of nucleic acid and protein, replaces clustalw
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: argtable-2.13_2

clustalw-2.1_2
多重配列整列プログラム CLUSTAL W
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org

clustalx-2.1
Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences with GUI
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: avahi-app-0.7_2, ca_root_nss-3.40.1, cups-2.2.8_1, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gdbm-1.18.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, glib-2.56.3_1,1, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, hicolor-icon-theme-0.15, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXcursor-1.1.15_2, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXfontcache-1.0.5_5, libXi-1.7.9_2,1, libXinerama-1.1.4_2,1, libXmu-1.1.2_5,1, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libdaemon-0.14_1, libffi-3.2.1_3, libiconv-1.14_11, libidn2-2.0.5_1, libpaper-1.1.24.4, libpthread-stubs-0.4, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, nettle-3.4.1, p11-kit-0.23.14, pcre-8.42, png-1.6.35, python27-2.7.15, python36-3.6.7, qt4-corelib-4.8.7_14, qt4-gui-4.8.7_6, qt4-moc-4.8.7_2, qt4-qmake-4.8.7_2, qt4-xml-4.8.7_2, qtchooser-66, readline-7.0.5, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, xdg-utils-1.1.1, xorgproto-2018.4, xprop-1.2.3, xset-1.2.4_2

consed-27.0
Graphical tool for editing Phrap assemblies
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: linux-c6-expat-2.0.1_5, linux-c6-fontconfig-2.8.0_3, linux-c6-xorg-libs-7.4_10, linux_base-c6-6.10, perl5-5.26.3, phrap-1.090518, phred-0.020425.c

cycle-0.3.1_10
Calendar program for women
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: ORBit2-2.14.19_2, atk-2.28.1, avahi-app-0.7_2, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cups-2.2.8_1, curl-7.62.0, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, dconf-0.28.0, dejavu-2.37, enchant-1.6.0_8, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gconf2-3.2.6_5, gdbm-1.18.1, gdk-pixbuf2-2.36.12, geoclue-2.4.7, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, glib-networking-2.56.1, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, graphite2-1.3.12, gsettings-desktop-schemas-3.28.1, gstreamer1-1.14.4, gstreamer1-plugins-1.14.4, gtk-update-icon-cache-2.24.32, gtk2-2.24.32, harfbuzz-2.2.0, harfbuzz-icu-2.2.0, hicolor-icon-theme-0.15, hunspell-1.6.2_1, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, iso-codes-3.76, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, json-glib-1.4.2, libGLU-9.0.0_3, libICE-1.0.9_3,1, libIDL-0.8.14_4, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXcomposite-0.4.4_5,1, libXcursor-1.1.15_2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXi-1.7.9_2,1, libXinerama-1.1.4_2,1, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgcrypt-1.8.4_1, libgpg-error-1.32_1, libiconv-1.14_11, libidn2-2.0.5_1, libmspack-0.5, libnghttp2-1.35.0, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libproxy-0.4.15, libpthread-stubs-0.4, libsecret-0.18.6, libsoup-2.62.3, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, libxslt-1.1.32, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, nettle-3.4.1, nspr-4.20, orc-0.4.25, p11-kit-0.23.14, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, png-1.6.35, polkit-0.114_1, py27-wxPython-common-3.0.2.0_5, py27-wxPython30-3.0.2.0_5, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, shared-mime-info-1.8, spidermonkey52-52.9.0, sqlite3-3.26.0, tiff-4.0.10, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, wayland-1.16.0, webkit-gtk2-2.4.11_18, webp-1.0.1, wx30-gtk2-3.0.4_3, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Deskutils, Python

cytoscape-3.6.1
Software to visualize molecular interaction networks, gene expression
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: alsa-lib-1.1.2_2, bash-4.4.23_1, dejavu-2.37, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, indexinfo-0.3.1, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libfontenc-1.1.3_3, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, maven-3.5.4, maven-wrapper-1_2, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, openjdk8-8.192.26_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Java

dDocent-2.2.25
Bash pipeline for RAD sequencing
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: ORBit2-2.14.19_2, alsa-lib-1.1.2_2, atk-2.28.1, avahi-app-0.7_2, bamtools-2.5.1, bash-4.4.23_1, bedtools-2.27.1_1, binutils-2.30_6,1, bwa-0.7.17, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cd-hit-4.6.6_4, coreutils-8.30_1, cups-2.2.8_1, curl-7.62.0, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, dconf-0.28.0, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, fastahack-g20160702, filevercmp-g20151117, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freebayes-1.2.0, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, fsom-g20151117, gawk-4.1.4_3, gcc7-7.4.0, gconf2-3.2.6_5, gdbm-1.18.1, gdk-pixbuf2-2.36.12, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnuplot-5.2.5, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, graphite2-1.3.12, gstreamer-0.10.36_6, gstreamer-plugins-0.10.36_11,3, gtk-update-icon-cache-2.24.32, gtk2-2.24.32, harfbuzz-2.2.0, hicolor-icon-theme-0.15, htslib-1.9, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, intervaltree-g20151213, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, jsoncpp-1.8.1_4, libGLU-9.0.0_3, libICE-1.0.9_3,1, libIDL-0.8.14_4, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXcomposite-0.4.4_5,1, libXcursor-1.1.15_2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXi-1.7.9_2,1, libXinerama-1.1.4_2,1, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libXv-1.0.11_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libedit-3.1.20170329_2,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libiconv-1.14_11, libidn2-2.0.5_1, libmspack-0.5, libnghttp2-1.35.0, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libsigsegv-2.12, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, lua53-5.3.5, mawk-1.3.4.20161120, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, multichoose-1.0.3.2, nettle-3.4.1, nspr-4.20, openjdk8-8.192.26_1, orc-0.4.25, p11-kit-0.23.14, pango-1.42.4, pangox-compat-0.0.2_2, parallel-20180922, pciids-20181113, pcre-8.42, pear-merger-0.9.6, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, png-1.6.35, polkit-0.114_1, python27-2.7.15, python36-3.6.7, rainbow-2.0.4, readline-7.0.5, samtools-1.9, seqtk-1.2.8, shared-mime-info-1.8, smithwaterman-g20160702, spidermonkey52-52.9.0, stacks-1.48_2, tabixpp-1.0.0.10, tex-kpathsea-6.2.1_2, tiff-4.0.10, tpm-emulator-0.7.4_2, trimadap-0.1.3, trimmomatic-0.35, trousers-0.3.14_2, unzip-6.0_7, vcflib-1.0.0.r1.130, vcftools-0.1.16, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, wx28-gtk2-2.8.12_7, wx28-gtk2-common-2.8.12_7, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Java

diamond-0.9.22
BLAST-compatible local sequence aligner
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保守担当者: jrm@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, ninja-1.8.2,2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5

emboss-6.6.0_3
遺伝配列解析のためのオープンソースツールコレクション
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保守担当者: wen@FreeBSD.org
必要なもの: clustalw-2.1_2, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libgd-2.2.5,1, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, open-motif-2.3.8, png-1.6.35, primer3-2.3.6, tiff-4.0.10, webp-1.0.1, xbitmaps-1.1.2, xorgproto-2018.4

exonerate-2.4.0
Generic tool for sequence alignment
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保守担当者: mzaki@niid.go.jp
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, glib-2.56.3_1,1, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, libiconv-1.14_11, libxml2-2.9.7, pcre-8.42, pkgconf-1.5.4,1, python27-2.7.15, readline-7.0.5

fasta-21.1.1
DNA, タンパク質データベース検索用のプログラム集
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fasta3-36.3.8
DNA, タンパク質データベース検索用のプログラム集, V 3
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fastahack-g20160702
Utility for indexing and sequence extraction from FASTA files
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fastdnaml-1.2.2_2
DNAML の高速版, 最尤法により系統樹を作成する
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fastool-0.1.4
Simple and quick FastQ and FastA tool for file reading and conversion
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fastqc-0.11.5
Quality control tool for high throughput sequence data
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必要なもの: alsa-lib-1.1.2_2, dejavu-2.37, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, giflib-5.1.4, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libfontenc-1.1.3_3, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, openjdk8-8.192.26_1, perl5-5.26.3, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Java, Perl5

fastx_toolkit-0.0.14
CLI tools for Short-Reads FASTA/FASTQ files preprocessing
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必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, indexinfo-0.3.1, libgtextutils-0.7, libtool-2.4.6_1, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3, pkgconf-1.5.4,1

fluctuate-1.40
Program to fit population models
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freebayes-1.2.0
Bayesian haplotype-based polymorphism discovery and genotyping
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

garlic-1.6_1
Molecular viewer, editor, and visualization program
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, xorgproto-2018.4

gatk-4.0.11.0
Variant discovery in high-throughput sequencing data
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必要なもの: alsa-lib-1.1.2_2, dejavu-2.37, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, gradle4-4.6, indexinfo-0.3.1, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libfontenc-1.1.3_3, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, openjdk8-8.192.26_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Java

gff2ps-0.98d_2
Converts gff-formated genomic data-sets to PostScript
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必要なもの: bash-4.4.23_1, gawk-4.1.4_3, gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, libsigsegv-2.12, readline-7.0.5

gmap-2015.09.21
Genomic Mapping and Alignment Program for mRNA and EST Sequences
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, perl5-5.26.3

gperiodic-2.0.10_8
元素の周期表を表示する
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必要なもの: atk-2.28.1, avahi-app-0.7_2, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cups-2.2.8_1, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gdbm-1.18.1, gdk-pixbuf2-2.36.12, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gettext-tools-0.19.8.1_1, glib-2.56.3_1,1, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, graphite2-1.3.12, gtk-update-icon-cache-2.24.32, gtk2-2.24.32, harfbuzz-2.2.0, hicolor-icon-theme-0.15, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXcomposite-0.4.4_5,1, libXcursor-1.1.15_2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXi-1.7.9_2,1, libXinerama-1.1.4_2,1, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXxf86vm-1.1.4_3, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libiconv-1.14_11, libidn2-2.0.5_1, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, nettle-3.4.1, p11-kit-0.23.14, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, python27-2.7.15, python36-3.6.7, readline-7.0.5, shared-mime-info-1.8, tiff-4.0.10, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, wayland-1.16.0, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4

grappa-2.0
Genome Rearrangements Analysis and Phylogeny Software
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

hmmer-3.2.1
生物学的時系列解析のための隠れマルコフモデルを求める
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保守担当者: mzaki@niid.go.jp
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

htslib-1.9
C library for high-throughput sequencing data formats
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保守担当者: cartwright@asu.edu
必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, ca_root_nss-3.40.1, curl-7.62.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libnghttp2-1.35.0, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3
ここにも含まれています: Devel

hyphy-2.3.14.16
Hypothesis testing using Phylogenies
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保守担当者: jrm@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, ninja-1.8.2,2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5

igv-2.4.16
Visualization tool for genomic datasets
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保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: alsa-lib-1.1.2_2, atk-2.28.1, avahi-app-0.7_2, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cups-2.2.8_1, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, ffmpeg-4.1,1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gdbm-1.18.1, gdk-pixbuf2-2.36.12, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, gradle4-4.6, graphite2-1.3.12, gtk-update-icon-cache-2.24.32, gtk2-2.24.32, harfbuzz-2.2.0, hicolor-icon-theme-0.15, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXcomposite-0.4.4_5,1, libXcursor-1.1.15_2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXi-1.7.9_2,1, libXinerama-1.1.4_2,1, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libXxf86vm-1.1.4_3, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgcrypt-1.8.4_1, libgpg-error-1.32_1, libiconv-1.14_11, libidn2-2.0.5_1, libogg-1.3.3,4, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libtasn1-4.13_1, libtheora-1.1.1_7, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libv4l-1.6.3_4, libva-2.3.0_1, libvdpau-1.1.1_2, libvorbis-1.3.6,3, libvpx-1.7.0_2, libx264-0.155.2917, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, libxslt-1.1.32, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, nettle-3.4.1, opencv-core-3.4.1_11, openjdk8-8.192.26_1, openjfx8-devel-8.u172.b11_5,1, opus-1.3, p11-kit-0.23.14, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, pixman-0.34.0_1, png-1.6.35, python27-2.7.15, python36-3.6.7, readline-7.0.5, shared-mime-info-1.8, sndio-1.5.0, sqlite3-3.26.0, tiff-4.0.10, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, v4l_compat-1.6.3_2, wayland-1.16.0, x265-2.8_1, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4, xvid-1.3.5,1
ここにも含まれています: Java

infernal-1.1.2
Search sequence databases for structural RNA homologs
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

io_lib-1.14.10
General purpose trace file (and Experiment File) reading interface
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必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, ca_root_nss-3.40.1, curl-7.62.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libnghttp2-1.35.0, libtool-2.4.6_1, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3

iqtree-1.6.8
Efficient phylogenomic software by maximum likelihood
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jalview-2.07_2
Viewer and editor for multiple sequence alignments
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必要なもの: alsa-lib-1.1.2_2, apache-ant-1.10.5, dejavu-2.37, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, giflib-5.1.4, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libfontenc-1.1.3_3, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, openjdk8-8.192.26_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Java

jellyfish-2.2.6_3
Fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libedit-3.1.20170329_2,1, libffi-3.2.1_3, libtool-2.4.6_1, libunwind-20170615, libyaml-0.2.1, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3, pkgconf-1.5.4,1, ruby-2.4.5,1, yaggo-1.5.9

kallisto-0.43.1_2
Quantify abundances of transcripts from RNA-Seq data
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, hdf-szip-2.1_2, hdf5-1.10.2, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, ninja-1.8.2,2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5

lagan-2.0_1
Efficient tools for large-scale multiple alignments of genomic DNA
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: perl5-5.26.3

lamarc-2.1.8_1
Package of programs for computing population parameters
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保守担当者: ports@FreeBSD.org

libgtextutils-0.7
Gordon's text utilities
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, indexinfo-0.3.1, libtool-2.4.6_1, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3, pkgconf-1.5.4,1

libsbml-5.17.0
API Library for Working with SBML File
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, libxml2-2.9.7, lzo2-2.10_1, ninja-1.8.2,2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5
ここにも含まれています: Devel

linux-foldingathome-5.04
Distributed client for Protein Folding
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: linux_base-c6-6.10

mafft-7.266
Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
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保守担当者: cartwright@asu.edu
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

mapm3-3.0
Constructs linkage maps of markers segregating in experimental crosses
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: tphilipp@potion-studios.com

migrate-3.6.11
Program to estimate population sizes and migration rates
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保守担当者: ports@FreeBSD.org

minc2-2.2.00_7
Medical Imaging NetCDF
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, bash-4.4.23_1, bison-3.2.2,1, ca_root_nss-3.40.1, curl-7.62.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, hdf-szip-2.1_2, hdf5-1.10.2, indexinfo-0.3.1, libnghttp2-1.35.0, libtool-2.4.6_1, m4-1.4.18_1,1, netcdf-4.6.1_1, perl5-5.26.3, pkgconf-1.5.4,1
ここにも含まれています: Science

mmtf-g20180730
C++ implementation of the MMTF API, decoder and encoder
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保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, msgpack-3.1.1, ninja-1.8.2,2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5
ここにも含まれています: Science

molden-5.8.2
分子軌道と電子密度を 2D と 3D で表示する
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保守担当者: jmd@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, expat-2.2.6_1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, libGLU-9.0.0_3, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXxf86vm-1.1.4_3, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, pciids-20181113, wayland-1.16.0, xorgproto-2018.4

mopac-7.1.15_5
半経験的分子軌道計算 (MNDO, etc.)
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2

mrbayes-3.1.2_2
Bayesian inference of phylogeny
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保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, readline-7.0.5

mummer-3.23_2
Modular system for rapid whole genome alignment
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, perl5-5.26.3

muscle-3.8.31
MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation
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保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp

ncbi-blast-2.7.1_1
NCBI implementation of Basic Local Alignment Search Tool
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, ca_root_nss-3.40.1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, gmp-6.1.2_1, gnutls-3.5.19_1, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, libgcrypt-1.8.4_1, libgpg-error-1.32_1, libidn2-2.0.5_1, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, lmdb-0.9.22_2,1, lzo2-2.10_1, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, nettle-3.4.1, p11-kit-0.23.14, p5-Exporter-Tiny-1.002001, p5-List-MoreUtils-0.428, p5-List-MoreUtils-XS-0.428, pcre-8.42, perl5-5.26.3, python27-2.7.15, readline-7.0.5, sqlite3-3.26.0, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2
ここにも含まれています: Perl5, Python

ncbi-cxx-toolkit-21.0.0
NCBI C++ Toolkit
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保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: bash-4.4.23_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXpm-3.5.12_2, libXt-1.1.5_2,1, libedit-3.1.20170329_2,1, libevent-2.1.8_2, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, mysql56-client-5.6.42_1, pcre-8.42, perl5-5.26.3, python27-2.7.15, readline-7.0.5, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Science, Devel

ncbi-toolkit-2017.01.06
National Center for Biotechnology Information (NCBI) の開発キット
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必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, gnutls-3.5.19_1, indexinfo-0.3.1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libffi-3.2.1_3, libidn2-2.0.5_1, libpthread-stubs-0.4, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, nettle-3.4.1, open-motif-2.3.8, p11-kit-0.23.14, png-1.6.35, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, xbitmaps-1.1.2, xorgproto-2018.4

ngs-sdk-2.9.3
Tools and libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives
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保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, perl5-5.26.3

njplot-2.4
Phylogenetic tree drawing program
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保守担当者: jrm@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, gnutls-3.5.19_1, indexinfo-0.3.1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libffi-3.2.1_3, libidn2-2.0.5_1, libpthread-stubs-0.4, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, ncbi-toolkit-2017.01.06, nettle-3.4.1, open-motif-2.3.8, p11-kit-0.23.14, png-1.6.35, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, xbitmaps-1.1.2, xorgproto-2018.4

p5-AcePerl-1.92_5
ACEDB ゲノムデータベース用の perl インタフェイス
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: p5-Cache-2.11, p5-Cache-Cache-1.08, p5-Digest-SHA1-2.13_1, p5-Error-0.17027, p5-File-NFSLock-1.29, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-String-1.08_1, p5-IPC-ShareLite-0.17_1, p5-TimeDate-2.30_2,1, perl5-5.26.3
ここにも含まれています: Databases, Perl5

p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.73
Regular expression-based Perl Parser for NCBI Entrez Gene
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: cairo-1.15.12,2, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, graphite2-1.3.12, graphviz-2.40.1_6, harfbuzz-2.2.0, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdrm-2.4.96,1, libedit-3.1.20170329_2,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libevent-2.1.8_2, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libiconv-1.14_11, libltdl-2.4.6, liblz4-1.8.3,1, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mysql56-client-5.6.42_1, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-3.0.1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-BioPerl-1.007002, p5-CGI-4.40, p5-Class-Method-Modifiers-2.12, p5-Clone-0.41, p5-Convert-Binary-C-0.78, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.048, p5-DBI-1.642, p5-Data-OptList-0.110, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.14, p5-Devel-StackTrace-2.03, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17027, p5-Exporter-Tiny-1.002001, p5-ExtUtils-PkgConfig-1.16, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-GD-2.68, p5-Graph-0.9704,1, p5-GraphViz-2.24, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.15, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.07, p5-HTTP-Cookies-6.04, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.18, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-FieldHash-0.15, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-INET6-2.72_1, p5-IO-Socket-SSL-2.060, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_2, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.99, p5-Inline-0.80, p5-Inline-C-0.78, p5-JSON-XS-3.04, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-List-MoreUtils-0.428, p5-List-MoreUtils-XS-0.428, p5-Math-Derivative-1.01, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Runtime-0.016, p5-Moo-2.003004, p5-Mozilla-CA-20180117, p5-Net-HTTP-6.18, p5-Net-SSLeay-1.85, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-Pegex-0.66, p5-PostScript-0.06_2, p5-Ref-Util-XS-0.117, p5-Role-Tiny-2.000006, p5-SVG-2.84, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Set-Scalar-1.29, p5-Socket6-0.29, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0702, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001013, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Quote-2.005001, p5-Text-Iconv-1.7_3, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tree-DAG_Node-1.31, p5-Try-Tiny-0.30, p5-Type-Tie-0.011, p5-Type-Tiny-1.004002, p5-Type-Tiny-XS-0.014, p5-Types-Serialiser-1.0_1, p5-URI-1.74, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0132,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.12, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-1.00, p5-XML-SAX-Base-1.09, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.57, p5-XML-Simple-2.25, p5-XML-Twig-3.52, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.44, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.27, p5-YAML-LibYAML-0.72, p5-common-sense-3.74, p5-libwww-6.36, p5-libxml-0.08_1, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, python27-2.7.15, readline-7.0.5, tiff-4.0.10, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-Coordinate-1.007001
Modules for working with biological coordinates
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p5-Bio-Das-1.17_4
Client-side library for Distributed Genome Annotation System
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保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: cairo-1.15.12,2, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, graphite2-1.3.12, graphviz-2.40.1_6, harfbuzz-2.2.0, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdrm-2.4.96,1, libedit-3.1.20170329_2,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libevent-2.1.8_2, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libiconv-1.14_11, libltdl-2.4.6, liblz4-1.8.3,1, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mysql56-client-5.6.42_1, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-3.0.1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-BioPerl-1.007002, p5-CGI-4.40, p5-Class-Method-Modifiers-2.12, p5-Clone-0.41, p5-Convert-Binary-C-0.78, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.048, p5-DBI-1.642, p5-Data-OptList-0.110, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.14, p5-Devel-StackTrace-2.03, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17027, p5-Exporter-Tiny-1.002001, p5-ExtUtils-PkgConfig-1.16, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-GD-2.68, p5-Graph-0.9704,1, p5-GraphViz-2.24, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.15, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.07, p5-HTTP-Cookies-6.04, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.18, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-FieldHash-0.15, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-INET6-2.72_1, p5-IO-Socket-SSL-2.060, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_2, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.99, p5-Inline-0.80, p5-Inline-C-0.78, p5-JSON-XS-3.04, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-List-MoreUtils-0.428, p5-List-MoreUtils-XS-0.428, p5-Math-Derivative-1.01, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Runtime-0.016, p5-Moo-2.003004, p5-Mozilla-CA-20180117, p5-Net-HTTP-6.18, p5-Net-SSLeay-1.85, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-Pegex-0.66, p5-PostScript-0.06_2, p5-Ref-Util-XS-0.117, p5-Role-Tiny-2.000006, p5-SVG-2.84, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Set-Scalar-1.29, p5-Socket6-0.29, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0702, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001013, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Quote-2.005001, p5-Text-Iconv-1.7_3, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tree-DAG_Node-1.31, p5-Try-Tiny-0.30, p5-Type-Tie-0.011, p5-Type-Tiny-1.004002, p5-Type-Tiny-XS-0.014, p5-Types-Serialiser-1.0_1, p5-URI-1.74, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0132,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.12, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-1.00, p5-XML-SAX-Base-1.09, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.57, p5-XML-Simple-2.25, p5-XML-Twig-3.52, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.44, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.27, p5-YAML-LibYAML-0.72, p5-common-sense-3.74, p5-libwww-6.36, p5-libxml-0.08_1, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, python27-2.7.15, readline-7.0.5, tiff-4.0.10, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
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p5-Bio-Das-Lite-2.11_1
Perl extension for the DAS (HTTP+XML) Protocol
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必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, curl-7.62.0, libnghttp2-1.35.0, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-File-Listing-6.04_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTTP-Cookies-6.04, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.18, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-INET6-2.72_1, p5-IO-Socket-SSL-2.060, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-Module-Build-0.4224, p5-Mozilla-CA-20180117, p5-Net-HTTP-6.18, p5-Net-SSLeay-1.85, p5-Readonly-2.05, p5-Socket6-0.29, p5-Try-Tiny-0.30, p5-URI-1.74, p5-WWW-Curl-4.17_2, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-libwww-6.36, perl5-5.26.3
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p5-Bio-FeatureIO-1.6.905
Handler for FeatureIO
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保守担当者: sunpoet@FreeBSD.org
必要なもの: cairo-1.15.12,2, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, graphite2-1.3.12, graphviz-2.40.1_6, harfbuzz-2.2.0, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdrm-2.4.96,1, libedit-3.1.20170329_2,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libevent-2.1.8_2, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libiconv-1.14_11, libltdl-2.4.6, liblz4-1.8.3,1, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mysql56-client-5.6.42_1, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-3.0.1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-BioPerl-1.007002, p5-CGI-4.40, p5-Class-Method-Modifiers-2.12, p5-Clone-0.41, p5-Convert-Binary-C-0.78, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.048, p5-DBI-1.642, p5-Data-OptList-0.110, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.14, p5-Devel-StackTrace-2.03, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17027, p5-Exporter-Tiny-1.002001, p5-ExtUtils-PkgConfig-1.16, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-GD-2.68, p5-Graph-0.9704,1, p5-GraphViz-2.24, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.15, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.07, p5-HTTP-Cookies-6.04, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.18, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-FieldHash-0.15, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-INET6-2.72_1, p5-IO-Socket-SSL-2.060, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_2, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.99, p5-Inline-0.80, p5-Inline-C-0.78, p5-JSON-XS-3.04, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-List-MoreUtils-0.428, p5-List-MoreUtils-XS-0.428, p5-Math-Derivative-1.01, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Runtime-0.016, p5-Moo-2.003004, p5-Mozilla-CA-20180117, p5-Net-HTTP-6.18, p5-Net-SSLeay-1.85, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-Pegex-0.66, p5-PostScript-0.06_2, p5-Ref-Util-XS-0.117, p5-Role-Tiny-2.000006, p5-SVG-2.84, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Set-Scalar-1.29, p5-Socket6-0.29, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0702, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001013, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Quote-2.005001, p5-Text-Iconv-1.7_3, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tree-DAG_Node-1.31, p5-Try-Tiny-0.30, p5-Type-Tie-0.011, p5-Type-Tiny-1.004002, p5-Type-Tiny-XS-0.014, p5-Types-Serialiser-1.0_1, p5-URI-1.74, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0132,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.12, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-1.00, p5-XML-SAX-Base-1.09, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.57, p5-XML-Simple-2.25, p5-XML-Twig-3.52, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.44, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.27, p5-YAML-LibYAML-0.72, p5-common-sense-3.74, p5-libwww-6.36, p5-libxml-0.08_1, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, python27-2.7.15, readline-7.0.5, tiff-4.0.10, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-GFF3-2.0_2
Fast low-level functions for parsing and formatting GFF3
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保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: p5-Exporter-Tiny-1.002001, p5-File-ReadBackwards-1.05_1, p5-List-MoreUtils-0.428, p5-List-MoreUtils-XS-0.428, p5-URI-1.74, perl5-5.26.3
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-Glite-0.10_2
Perl Interface to G-language
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-File-Listing-6.04_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTTP-Cookies-6.04, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.18, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-INET6-2.72_1, p5-IO-Socket-SSL-2.060, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-Mozilla-CA-20180117, p5-Net-HTTP-6.18, p5-Net-SSLeay-1.85, p5-Socket6-0.29, p5-Try-Tiny-0.30, p5-URI-1.74, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-libwww-6.36, perl5-5.26.3
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-Graphics-2.40_2
Generate GD Images of Bio::Seq Objects
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, curl-7.62.0, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, graphite2-1.3.12, graphviz-2.40.1_6, harfbuzz-2.2.0, indexinfo-0.3.1, io_lib-1.14.10, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdrm-2.4.96,1, libedit-3.1.20170329_2,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libevent-2.1.8_2, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libiconv-1.14_11, libltdl-2.4.6, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mysql56-client-5.6.42_1, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-3.0.1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-Bio-Coordinate-1.007001, p5-Bio-SCF-1.03_2, p5-BioPerl-1.007002, p5-CGI-4.40, p5-Class-Method-Modifiers-2.12, p5-Clone-0.41, p5-Convert-Binary-C-0.78, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.048, p5-DBI-1.642, p5-Data-OptList-0.110, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.14, p5-Devel-StackTrace-2.03, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17027, p5-Exporter-Tiny-1.002001, p5-ExtUtils-PkgConfig-1.16, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-GD-2.68, p5-GD-SVG-0.33_6, p5-Graph-0.9704,1, p5-GraphViz-2.24, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.15, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.07, p5-HTTP-Cookies-6.04, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.18, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-FieldHash-0.15, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-INET6-2.72_1, p5-IO-Socket-SSL-2.060, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_2, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.99, p5-Inline-0.80, p5-Inline-C-0.78, p5-JSON-XS-3.04, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-List-MoreUtils-0.428, p5-List-MoreUtils-XS-0.428, p5-Math-Derivative-1.01, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Build-0.4224, p5-Module-Runtime-0.016, p5-Moo-2.003004, p5-Mozilla-CA-20180117, p5-Net-HTTP-6.18, p5-Net-SSLeay-1.85, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-Pegex-0.66, p5-PostScript-0.06_2, p5-Ref-Util-XS-0.117, p5-Role-Tiny-2.000006, p5-SVG-2.84, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Set-Scalar-1.29, p5-Socket6-0.29, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0702, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001013, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Quote-2.005001, p5-Text-Iconv-1.7_3, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tree-DAG_Node-1.31, p5-Try-Tiny-0.30, p5-Type-Tie-0.011, p5-Type-Tiny-1.004002, p5-Type-Tiny-XS-0.014, p5-Types-Serialiser-1.0_1, p5-URI-1.74, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0132,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.12, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-1.00, p5-XML-SAX-Base-1.09, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.57, p5-XML-Simple-2.25, p5-XML-Twig-3.52, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.44, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.27, p5-YAML-LibYAML-0.72, p5-common-sense-3.74, p5-libwww-6.36, p5-libxml-0.08_1, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, python27-2.7.15, readline-7.0.5, tiff-4.0.10, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
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p5-Bio-MAGETAB-1.31_1
Data model and utility API for the MAGE-TAB format
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保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: p5-Algorithm-C3-0.10_1, p5-B-Hooks-EndOfScope-0.24, p5-Carp-Clan-6.07, p5-Class-C3-0.34, p5-Class-Data-Inheritable-0.08_1, p5-Class-Inspector-1.32, p5-Class-Load-0.25, p5-Class-Load-XS-0.10, p5-Class-Method-Modifiers-2.12, p5-Class-Singleton-1.5_1, p5-Data-OptList-0.110, p5-Date-Manip-6.75, p5-DateTime-1.50, p5-DateTime-Format-DateManip-0.04_1, p5-DateTime-Locale-1.23, p5-DateTime-TimeZone-2.21,1, p5-Devel-GlobalDestruction-0.14, p5-Devel-OverloadInfo-0.005, p5-Devel-StackTrace-2.03, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Dist-CheckConflicts-0.11_1, p5-Email-Valid-1.202, p5-Eval-Closure-0.14, p5-Exception-Class-1.44, p5-File-ShareDir-1.116, p5-MRO-Compat-0.13, p5-Mail-Tools-2.19, p5-Module-Implementation-0.09_1, p5-Module-Runtime-0.016, p5-Module-Runtime-Conflicts-0.003_1, p5-Moose-2.2011,1, p5-MooseX-FollowPBP-0.05_1, p5-MooseX-Types-0.50, p5-Net-DNS-1.19,1, p5-Net-Domain-TLD-1.74, p5-Package-DeprecationManager-0.17_1, p5-Package-Stash-0.37_1, p5-Package-Stash-XS-0.28_2, p5-Params-Coerce-0.14_2, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Params-Validate-1.29, p5-Params-ValidationCompiler-0.30, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-Role-Tiny-2.000006, p5-Scalar-List-Utils-1.50,1, p5-Specio-0.43, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-ForMethods-0.100052, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001013, p5-Sub-Identify-0.14, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Name-0.21,1, p5-Sub-Quote-2.005001, p5-Text-CSV_XS-1.34, p5-TimeDate-2.30_2,1, p5-Try-Tiny-0.30, p5-URI-1.74, p5-Variable-Magic-0.62, p5-namespace-autoclean-0.28, p5-namespace-clean-0.27, perl5-5.26.3
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p5-Bio-NEXUS-0.78_1
Object-oriented Perl API for the NEXUS file format
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保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: p5-Clone-PP-1.07, perl5-5.26.3
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p5-Bio-Phylo-2.0.1
Phylogenetic analysis using Perl
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保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: cairo-1.15.12,2, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, graphite2-1.3.12, graphviz-2.40.1_6, harfbuzz-2.2.0, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdrm-2.4.96,1, libedit-3.1.20170329_2,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libevent-2.1.8_2, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libiconv-1.14_11, libltdl-2.4.6, liblz4-1.8.3,1, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, 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p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Dist-CheckConflicts-0.11_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17027, p5-Eval-Closure-0.14, p5-Exception-Class-1.44, p5-Exporter-Tiny-1.002001, p5-ExtUtils-PkgConfig-1.16, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-ShareDir-1.116, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-Font-TTF-1.06, p5-GD-2.68, p5-Graph-0.9704,1, p5-GraphViz-2.24, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.15, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.07, p5-HTTP-Cookies-6.04, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.18, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-FieldHash-0.15, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-INET6-2.72_1, p5-IO-Socket-SSL-2.060, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_2, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.99, p5-IRI-0.009, p5-Inline-0.80, p5-Inline-C-0.78, p5-JSON-2.97.001, p5-JSON-XS-3.04, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-List-MoreUtils-0.428, p5-List-MoreUtils-XS-0.428, p5-Log-Log4perl-1.49, p5-MRO-Compat-0.13, p5-Math-Bezier-Convert-0.02_1, 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p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001013, p5-Sub-Identify-0.14, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Name-0.21,1, p5-Sub-Quote-2.005001, p5-Term-ANSIColor-4.06, p5-Text-Aligner-0.13, p5-Text-CSV_XS-1.34, p5-Text-Iconv-1.7_3, p5-Text-Table-1.133, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tree-DAG_Node-1.31, p5-Try-Tiny-0.30, p5-Type-Tie-0.011, p5-Type-Tiny-1.004002, p5-Type-Tiny-XS-0.014, p5-Types-Serialiser-1.0_1, p5-URI-1.74, p5-Variable-Magic-0.62, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-CommonNS-0.06_2, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0132,1, p5-XML-Namespace-0.02_1, p5-XML-NamespaceFactory-1.02, p5-XML-NamespaceSupport-1.12, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-1.00, p5-XML-SAX-Base-1.09, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.57, p5-XML-Simple-2.25, p5-XML-Twig-3.52, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XML2JSON-0.06_1, p5-XML-XPath-1.44, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.27, p5-YAML-LibYAML-0.72, p5-YAML-Syck-1.31, p5-bareword-filehandles-0.006, p5-common-sense-3.74, p5-indirect-0.33, p5-libwww-6.36, p5-libxml-0.08_1, p5-multidimensional-0.014, p5-namespace-autoclean-0.28, p5-namespace-clean-0.27, p5-strictures-2.000004,1, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, python27-2.7.15, readline-7.0.5, tiff-4.0.10, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-SCF-1.03_2
Read and Update SCF Chromatographic Sequence Files
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保守担当者: wen@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, curl-7.62.0, io_lib-1.14.10, libnghttp2-1.35.0, perl5-5.26.3
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p5-BioPerl-1.007002
Collection of Perl modules for bioinformatics
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保守担当者: perl@FreeBSD.org
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p5-BioPerl-Run-1.007002
Wrapper modules for common bioinformatics tools
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保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: cairo-1.15.12,2, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, graphite2-1.3.12, graphviz-2.40.1_6, harfbuzz-2.2.0, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdrm-2.4.96,1, libedit-3.1.20170329_2,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libevent-2.1.8_2, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libiconv-1.14_11, libltdl-2.4.6, liblz4-1.8.3,1, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mysql56-client-5.6.42_1, p5-Algorithm-Diff-1.1903, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-3.0.1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-Bio-FeatureIO-1.6.905, p5-BioPerl-1.007002, p5-CGI-4.40, p5-Class-Method-Modifiers-2.12, p5-Clone-0.41, p5-Config-Any-0.32, p5-Config-General-2.63, p5-Config-Tiny-2.23, p5-Convert-Binary-C-0.78, p5-Cpanel-JSON-XS-4.08, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.048, p5-DBI-1.642, p5-Data-OptList-0.110, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.14, p5-Devel-StackTrace-2.03, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17027, p5-Exporter-Tiny-1.002001, p5-ExtUtils-PkgConfig-1.16, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-File-Sort-1.01_1, p5-GD-2.68, p5-Graph-0.9704,1, p5-GraphViz-2.24, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.15, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.07, p5-HTTP-Cookies-6.04, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.18, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-FieldHash-0.15, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-INET6-2.72_1, p5-IO-Socket-SSL-2.060, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_2, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.99, p5-Inline-0.80, p5-Inline-C-0.78, p5-JSON-XS-3.04, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-List-MoreUtils-0.428, p5-List-MoreUtils-XS-0.428, p5-Math-Derivative-1.01, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Build-0.4224, p5-Module-Pluggable-5.2, p5-Module-Runtime-0.016, p5-Moo-2.003004, p5-Mozilla-CA-20180117, p5-Net-HTTP-6.18, p5-Net-SSLeay-1.85, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-Pegex-0.66, p5-PostScript-0.06_2, p5-Ref-Util-XS-0.117, p5-Role-Tiny-2.000006, p5-SVG-2.84, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Set-Scalar-1.29, p5-Socket6-0.29, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0702, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001013, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Quote-2.005001, p5-Text-Iconv-1.7_3, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tree-DAG_Node-1.31, p5-Try-Tiny-0.30, p5-Type-Tie-0.011, p5-Type-Tiny-1.004002, p5-Type-Tiny-XS-0.014, p5-Types-Serialiser-1.0_1, p5-URI-1.74, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0132,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.12, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-1.00, p5-XML-SAX-Base-1.09, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.57, p5-XML-Simple-2.25, p5-XML-Twig-3.52, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.44, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.27, p5-YAML-LibYAML-0.72, p5-common-sense-3.74, p5-libwww-6.36, p5-libxml-0.08_1, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, python27-2.7.15, readline-7.0.5, tiff-4.0.10, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
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p5-TrimGalore-0.4.5
Wrapper around Cutadapt and FastQC for adapter and quality trimming
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: alsa-lib-1.1.2_2, dejavu-2.37, expat-2.2.6_1, fastqc-0.11.5, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, indexinfo-0.3.1, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, openjdk8-8.192.26_1, perl5-5.26.3, py27-bz2file-0.98, py27-xopen-0.3.5, py36-cutadapt-1.18, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Perl5

p5-transdecoder-5.4.0
Identify candidate coding regions within transcript sequences
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, cd-hit-4.6.6_4, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, p5-URI-1.74, perl5-5.26.3
ここにも含まれています: Perl5

paml-4.9h
最尤法による系統学的解析 (PAML)
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jrm@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

pbbam-g20180416_1
PacBio BAM C++ library, with SWIG bindings
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: boost-libs-1.68.0_3, ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, htslib-1.9, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, ninja-1.8.2,2, pkgconf-1.5.4,1, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5

pbcopper-g20180413_1
Core C++ library for Pacific Biosciences tools
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: boost-libs-1.68.0_3, ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, ninja-1.8.2,2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5

pbseqan-g20171002
Pacific Biosciences patched and stripped down SeqAn
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org

pear-merger-0.9.6
Memory-efficient and highly accurate paired-end read merger
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org

phrap-1.090518
Phrap is a program for assembling shotgun DNA sequence data
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保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp

phred-0.020425.c
Base calling and quality value assignment on DNA sequencing
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保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp

phylip-3.697
系統推論パッケージ
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: bash-4.4.23_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXaw-1.0.13_2,2, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXmu-1.1.2_5,1, libXp-1.0.3_2,1, libXpm-3.5.12_2, libXt-1.1.5_2,1, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, xorgproto-2018.4

phyml-3.3.20180621_1
Simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, indexinfo-0.3.1, libtool-2.4.6_1, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3, pkgconf-1.5.4,1

plinkseq-0.10_1
Toolset for working with human genetic variation data
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1
ここにも含まれています: Science

primer3-2.3.6
Primer3 helps to choose primers for PCR reactions
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

protomol-2.0.3_14
OO, component based, framework for molecular dynamics (MD) simulations
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: expat-2.2.6_1, freeglut-3.0.0_2, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libGLU-9.0.0_3, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libXmu-1.1.2_5,1, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, pciids-20181113, png-1.6.35, tiff-4.0.10, wayland-1.16.0, xorgproto-2018.4

psi88-1.0_13
波動関数(分子軌道)を三次元にプロットする
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2

py27-Genesis-PyAPI-1.2.1
API for the Genesis platform for genetics information processing
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, py27-asn1crypto-0.22.0, py27-certifi-2018.11.29, py27-ipaddress-1.0.22, py27-openssl-18.0.0, py27-pycparser-2.18, py27-six-1.11.0, py27-slumber-0.7.1, py27-urllib3-1.22,1, py36-cffi-1.11.5, py36-chardet-3.0.4, py36-cryptography-2.3, py36-idna-2.7, py36-pysocks-1.6.8, py36-requests-2.18.4_1, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5
ここにも含まれています: Python

py27-biom-format-2.1.7
Biological Observation Matrix (BIOM) Format Project
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保守担当者: jrm@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, cblas-1.0_9, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, hdf-szip-2.1_2, hdf5-1.10.2, indexinfo-0.3.1, lapack-3.5.0_5, libffi-3.2.1_3, metis-5.1.0_5, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, perl5-5.26.3, postgresql95-client-9.5.15_1, py27-click-6.7_1, py27-dateutil-2.7.3, py27-future-0.16.0, py27-numpy-1.15.4,1, py27-pyqi-0.3.2, py27-six-1.11.0, py27-sqlite3-2.7.15_7, py36-bottleneck-1.2.1_3, py36-h5py-2.8.0_1, py36-numexpr-2.6.8, py36-pandas-0.23.4, py36-pytz-2018.7,1, py36-scipy-1.1.0_1, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, sqlite3-3.26.0, suitesparse-5.2.0_1
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py27-biopython-1.72
生物情報学用の python モジュールコレクション
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必要なもの: adobe-cmaps-20051217_3, binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, cblas-1.0_9, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, lapack-3.5.0_5, lcms2-2.9, libX11-1.6.7,1, libXScrnSaver-1.2.3_2, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXft-2.3.2_3, libXrender-0.9.10_2, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, metis-5.1.0_5, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, openjpeg-2.3.0_2, png-1.6.35, py27-numpy-1.15.4,1, py36-pillow-5.2.0, py36-reportlab-3.5.11, py37-setuptools-40.6.2, py37-tkinter-3.7.1_6, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, suitesparse-5.2.0_1, tcl86-8.6.9, tiff-4.0.10, tk86-8.6.9, webp-1.0.1, xorgproto-2018.4
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py27-bx-python-0.8.2
Python module for reading, manipulating and writing genomic data sets
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必要なもの: binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, cblas-1.0_9, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, lapack-3.5.0_5, libffi-3.2.1_3, lzo2-2.10_1, metis-5.1.0_5, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, py27-numpy-1.15.4,1, py36-cython-0.29, py36-python-lzo-1.12, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, suitesparse-5.2.0_1
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py27-cutadapt-1.18
Trim adapters from high-throughput sequencing reads
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, py27-bz2file-0.98, py27-xopen-0.3.5, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python37-3.7.1, readline-7.0.5
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py27-gffutils-0.9
Work with GFF and GTF files in a flexible database framework
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, py27-argcomplete-1.9.4, py27-argh-0.26.1, py27-pyfaidx-0.5.5.2, py27-simplejson-3.16.1, py27-six-1.11.0, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python37-3.7.1, readline-7.0.5
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py27-gtfparse-1.2.0
Parsing tools for GTF (gene transfer format) files
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必要なもの: binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, cblas-1.0_9, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, lapack-3.5.0_5, libffi-3.2.1_3, metis-5.1.0_5, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, py27-dateutil-2.7.3, py27-numpy-1.15.4,1, py27-six-1.11.0, py27-sqlite3-2.7.15_7, py36-bottleneck-1.2.1_3, py36-numexpr-2.6.8, py36-pandas-0.23.4, py36-pytz-2018.7,1, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, sqlite3-3.26.0, suitesparse-5.2.0_1
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py27-macs2-2.1.0.p20170505_1
Analysis of chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequences
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py27-pyfaidx-0.5.5.2
Efficient pythonic random access to fasta subsequences
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py27-pyfasta-0.5.2_2
Fast, memory-efficient, pythonic access to fasta sequence files
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py27-pymol-2.2.0_1
OpenGL-based molecular visualization system
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ここにも含まれています: Science, Python

py27-pysam-0.15.1
Python module for reading, manipulating and writing genomic data sets
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, py36-cython-0.29, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5
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py27-python-nexus-1.63
Generic nexus file format reader for python
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python37-3.7.1, readline-7.0.5
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py36-Genesis-PyAPI-1.2.1
API for the Genesis platform for genetics information processing
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, py27-asn1crypto-0.22.0, py27-certifi-2018.11.29, py27-ipaddress-1.0.22, py27-openssl-18.0.0, py27-pycparser-2.18, py27-six-1.11.0, py27-slumber-0.7.1, py27-urllib3-1.22,1, py36-cffi-1.11.5, py36-chardet-3.0.4, py36-cryptography-2.3, py36-idna-2.7, py36-pysocks-1.6.8, py36-requests-2.18.4_1, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5
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py36-biom-format-2.1.7
Biological Observation Matrix (BIOM) Format Project
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必要なもの: binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, cblas-1.0_9, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, hdf-szip-2.1_2, hdf5-1.10.2, indexinfo-0.3.1, lapack-3.5.0_5, libffi-3.2.1_3, metis-5.1.0_5, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, py27-click-6.7_1, py27-dateutil-2.7.3, py27-future-0.16.0, py27-numpy-1.15.4,1, py27-six-1.11.0, py27-sqlite3-2.7.15_7, py36-bottleneck-1.2.1_3, py36-h5py-2.8.0_1, py36-numexpr-2.6.8, py36-pandas-0.23.4, py36-pytz-2018.7,1, py36-scipy-1.1.0_1, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, sqlite3-3.26.0, suitesparse-5.2.0_1
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py36-biopython-1.72
生物情報学用の python モジュールコレクション
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保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: adobe-cmaps-20051217_3, binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, cblas-1.0_9, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, giflib-5.1.4, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, lapack-3.5.0_5, lcms2-2.9, libX11-1.6.7,1, libXScrnSaver-1.2.3_2, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXft-2.3.2_3, libXrender-0.9.10_2, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, metis-5.1.0_5, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, openjpeg-2.3.0_2, png-1.6.35, py27-numpy-1.15.4,1, py36-pillow-5.2.0, py36-reportlab-3.5.11, py37-setuptools-40.6.2, py37-tkinter-3.7.1_6, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, suitesparse-5.2.0_1, tcl86-8.6.9, tiff-4.0.10, tk86-8.6.9, webp-1.0.1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Python

py36-bx-python-0.8.2
Python module for reading, manipulating and writing genomic data sets
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保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, cblas-1.0_9, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, lapack-3.5.0_5, libffi-3.2.1_3, lzo2-2.10_1, metis-5.1.0_5, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, py27-numpy-1.15.4,1, py36-cython-0.29, py36-python-lzo-1.12, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, suitesparse-5.2.0_1
ここにも含まれています: Python

py36-cutadapt-1.18
Trim adapters from high-throughput sequencing reads
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, py27-bz2file-0.98, py27-xopen-0.3.5, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5
ここにも含まれています: Python

py36-deap-1.2.2
Distributed Evolutionary Algorithms in Python
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保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, cblas-1.0_9, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, lapack-3.5.0_5, libffi-3.2.1_3, metis-5.1.0_5, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, py27-numpy-1.15.4,1, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, suitesparse-5.2.0_1
ここにも含まれています: Math, Science, Devel, Python

py36-gffutils-0.9
Work with GFF and GTF files in a flexible database framework
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必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, py27-argcomplete-1.9.4, py27-argh-0.26.1, py27-pyfaidx-0.5.5.2, py27-simplejson-3.16.1, py27-six-1.11.0, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5
ここにも含まれています: Python

py36-gtfparse-1.2.0
Parsing tools for GTF (gene transfer format) files
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保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, cblas-1.0_9, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, lapack-3.5.0_5, libffi-3.2.1_3, metis-5.1.0_5, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, py27-dateutil-2.7.3, py27-numpy-1.15.4,1, py27-six-1.11.0, py27-sqlite3-2.7.15_7, py36-bottleneck-1.2.1_3, py36-numexpr-2.6.8, py36-pandas-0.23.4, py36-pytz-2018.7,1, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, sqlite3-3.26.0, suitesparse-5.2.0_1
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py36-loompy-2.0.16
Work with .loom files for single-cell RNA-seq data
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py36-orange3-bioinformatics-3.2.2
Orange add-on providing common functionality for bioinformatics
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py36-orange3-single-cell-0.8.2
Orange add-on for gene expression of single cell data
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py36-pyfaidx-0.5.5.2
Efficient pythonic random access to fasta subsequences
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py36-pyfasta-0.5.2_2
Fast, memory-efficient, pythonic access to fasta sequence files
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py36-pysam-0.15.1
Python module for reading, manipulating and writing genomic data sets
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py36-python-nexus-1.63
Generic nexus file format reader for python
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pycogent-1.9_1
Toolkit for statistical analysis of biological sequences
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保守担当者: python@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, blas-3.5.0_4, ca_root_nss-3.40.1, cblas-1.0_9, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, lapack-3.5.0_5, libffi-3.2.1_3, metis-5.1.0_5, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, py27-Babel-2.6.0, py27-Jinja2-2.10, py27-alabaster-0.7.6, py27-asn1crypto-0.22.0, py27-certifi-2018.11.29, py27-docutils-0.14_3, py27-imagesize-0.7.1, py27-ipaddress-1.0.22, py27-numpy-1.15.4,1, py27-openssl-18.0.0, py27-pycparser-2.18, py27-six-1.11.0, py27-snowballstemmer-1.2.0_1, py27-sphinx-1.6.5_1,1, py27-sphinxcontrib-websupport-1.0.1, py27-sqlite3-2.7.15_7, py27-typing-3.6.4, py27-urllib3-1.22,1, py36-MarkupSafe-1.0, py36-cffi-1.11.5, py36-chardet-3.0.4, py36-cryptography-2.3, py36-cython-0.29, py36-idna-2.7, py36-pygments-2.3.0, py36-pysocks-1.6.8, py36-pystemmer-1.3.0_2, py36-pytz-2018.7,1, py36-requests-2.18.4_1, py36-sphinx_rtd_theme-0.4.0, py36-sqlalchemy10-1.0.14, py37-setuptools-40.6.2, python27-2.7.15, python36-3.6.7, python37-3.7.1, readline-7.0.5, sqlite3-3.26.0, suitesparse-5.2.0_1
ここにも含まれています: Python

rainbow-2.0.4
Efficient clustering and assembling of short reads, especially for RAD
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

raster3d-3.0.3_3
Set of tools for generating raster images of proteins and molecules
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: ImageMagick6-6.9.10.14_1,1, avahi-app-0.7_2, binutils-2.30_6,1, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cups-2.2.8_1, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, fftw3-3.3.8_2, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gcc7-7.4.0, gdbm-1.18.1, gdk-pixbuf2-2.36.12, gettext-runtime-0.19.8.1_2, ghostscript9-agpl-base-9.25_1, ghostscript9-agpl-x11-9.25, giflib-5.1.4, glib-2.56.3_1,1, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, graphite2-1.3.12, harfbuzz-2.2.0, indexinfo-0.3.1, jbig2dec-0.15, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, lcms2-2.9, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libcroco-0.6.12, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libgd-2.2.5,1, libgsf-1.14.44, libiconv-1.14_11, libidn-1.34_1, libidn2-2.0.5_1, libijs-0.35_5, liblqr-1-0.4.2, libltdl-2.4.6, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libraw-0.18.13_1, librsvg2-2.40.20, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libwmf-0.2.8.4_15, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, nettle-3.4.1, openjpeg-2.3.0_2, p11-kit-0.23.14, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, perl5-5.26.3, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, poppler-data-0.4.9, python27-2.7.15, python36-3.6.7, readline-7.0.5, shared-mime-info-1.8, tiff-4.0.10, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, wayland-1.16.0, webp-1.0.1, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Graphics

recombine-1.41
Program to fit population models across sites
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保守担当者: ports@FreeBSD.org

ruby24-bio-1.5.1
Integrated environment for Bioinformatics written in Ruby
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保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: indexinfo-0.3.1, libedit-3.1.20170329_2,1, libffi-3.2.1_3, libunwind-20170615, libyaml-0.2.1, ruby-2.4.5,1
ここにも含まれています: Ruby

rubygem-bio-1.5.2
Integrated environment for Bioinformatics written in Ruby
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: ruby@FreeBSD.org
必要なもの: indexinfo-0.3.1, libedit-3.1.20170329_2,1, libffi-3.2.1_3, libunwind-20170615, libyaml-0.2.1, ruby-2.4.5,1, ruby24-gems-2.7.8
ここにも含まれています: Rubygems

samtools-1.9
Tools for manipulating next-generation sequencing data
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保守担当者: cartwright@asu.edu
必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, ca_root_nss-3.40.1, curl-7.62.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, htslib-1.9, indexinfo-0.3.1, libnghttp2-1.35.0, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3

seaview-4.7
多重 DNA 配列の整列編集
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保守担当者: bofh@FreeBSD.org
必要なもの: expat-2.2.6_1, fltk-1.3.4, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, jpeg-turbo-2.0.1, libGLU-9.0.0_3, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXcursor-1.1.15_2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXinerama-1.1.4_2,1, libXrender-0.9.10_2, libXxf86vm-1.1.4_3, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, pciids-20181113, png-1.6.35, wayland-1.16.0, xorgproto-2018.4

seqan-2.4.0
C++ sequence analysis template library
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保守担当者: h2+fbsdports@fsfe.org

seqan-apps-2.4.0_3
Official bioinformatic applications based on the SeqAn library
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保守担当者: h2+fbsdports@fsfe.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, boost-libs-1.68.0_3, ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, ninja-1.8.2,2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5

seqan1-1.3.1_4
C++ Sequence Analysis Library
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保守担当者: h2+fbsdports@fsfe.org

seqio-1.2.2_1
Set of C functions which can read/write biological sequence files
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保守担当者: ports@FreeBSD.org

seqtk-1.2.8
Tool for processing sequences in FASTA/FASTQ format
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org

seqtools-4.44.1_2
Tools for visualising sequence alignments
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保守担当者: pi@FreeBSD.org
必要なもの: atk-2.28.1, avahi-app-0.7_2, ca_root_nss-3.40.1, cairo-1.15.12,2, cups-2.2.8_1, curl-7.62.0, dbus-1.10.16_1, dbus-glib-0.108, dejavu-2.37, encodings-1.0.4_4,1, expat-2.2.6_1, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, fribidi-0.19.7, gdbm-1.18.1, gdk-pixbuf2-2.36.12, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gettext-tools-0.19.8.1_1, glib-2.56.3_1,1, gmp-6.1.2_1, gnome_subr-1.0, gnutls-3.5.19_1, gobject-introspection-1.56.1,1, graphite2-1.3.12, gtk-update-icon-cache-2.24.32, gtk2-2.24.32, harfbuzz-2.2.0, hicolor-icon-theme-0.15, indexinfo-0.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-2.0.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXcomposite-0.4.4_5,1, libXcursor-1.1.15_2, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXft-2.3.2_3, libXi-1.7.9_2,1, libXinerama-1.1.4_2,1, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXxf86vm-1.1.4_3, libdaemon-0.14_1, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, libfontenc-1.1.3_3, libiconv-1.14_11, libidn2-2.0.5_1, libnghttp2-1.35.0, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libtasn1-4.13_1, libunistring-0.9.10_1, libunwind-20170615, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, mesa-libs-18.1.9_4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, nettle-3.4.1, p11-kit-0.23.14, pango-1.42.4, pciids-20181113, pcre-8.42, pixman-0.34.0_1, pkgconf-1.5.4,1, png-1.6.35, python27-2.7.15, python36-3.6.7, readline-7.0.5, shared-mime-info-1.8, sqlite3-3.26.0, tiff-4.0.10, tpm-emulator-0.7.4_2, trousers-0.3.14_2, wayland-1.16.0, xcb-util-0.4.0_2,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xorgproto-2018.4

sim4-2003.09.21_1
抽出した DNA をゲノム配列で整列するアルゴリズム
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保守担当者: ports@FreeBSD.org

simbody-3.6.1
Multibody dynamics library for (bio)mechanical systems simulation
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: yuri@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, freeglut-3.0.0_2, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libGLU-9.0.0_3, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdamage-1.1.4_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libXmu-1.1.2_5,1, libXrandr-1.5.1_2, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXxf86vm-1.1.4_3, libarchive-3.3.3,1, libdrm-2.4.96,1, libepoll-shim-0.0.20161220_1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libpciaccess-0.13.5, libpthread-stubs-0.4, libunwind-20170615, libuv-1.24.0, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, libxshmfence-1.2_4, lzo2-2.10_1, mesa-libs-18.1.9_4, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, openblas-0.2.20_6,1, pciids-20181113, rhash-1.3.5, wayland-1.16.0, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Science

slclust-2010.02.02
Single-linkage clustering with Jaccard similarity
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org

smithwaterman-g20160702
Smith-waterman-gotoh alignment algorithm
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

stacks-1.48_2
Software pipeline for building loci from short-read sequences
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2, python27-2.7.15, readline-7.0.5

stringtie-1.3.4.d
Transcript assembly and quantification for RNA-seq
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: mzaki@niid.go.jp
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1

tRNAscan-SE-2.0.0_1
Searching for tRNA genes in genomic sequence
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: mzaki@niid.go.jp
必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, indexinfo-0.3.1, infernal-1.1.2, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3

t_coffee-9.03_8
Multiple DNA or protein sequence alignment package
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: binutils-2.30_6,1, clustalw-2.1_2, gcc7-7.4.0, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmp-6.1.2_1, indexinfo-0.3.1, mpc-1.1.0_2, mpfr-4.0.1_2

tabixpp-1.0.0.10
C++ wrapper to tabix indexer
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, curl-7.62.0, htslib-1.9, libnghttp2-1.35.0

treepuzzle-5.2
Maximum likelihood phylogeny reconstruction using quartets
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jan.lentfer@web.de

trimadap-0.1.3
Trim adapter sequences from Illumina data using heuristic rules
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org

trimmomatic-0.35
Flexible read trimming tool for Illumina NGS data
詳しい説明 | 変更点 | メインウェブサイト
保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: alsa-lib-1.1.2_2, dejavu-2.37, expat-2.2.6_1, fontconfig-2.12.6,1, freetype2-2.9.1, giflib-5.1.4, java-zoneinfo-2018.g, javavmwrapper-2.6, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libXrender-0.9.10_2, libXt-1.1.5_2,1, libXtst-1.2.3_2, libfontenc-1.1.3_3, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.3_2, openjdk8-8.192.26_1, xorgproto-2018.4
ここにも含まれています: Java

ugene-1.31.0
Free, open-source, cross-platform bioinformatics toolkit
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保守担当者: h2+fbsdports@fsfe.org
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unanimity-3.1.0
Pacific Biosciences consensus library and applications
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必要なもの: boost-libs-1.68.0_3, ca_root_nss-3.40.1, cmake-3.13.1, curl-7.62.0, expat-2.2.6_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, htslib-1.9, icu-63.1,1, indexinfo-0.3.1, jsoncpp-1.8.1_4, libarchive-3.3.3,1, libffi-3.2.1_3, liblz4-1.8.3,1, libnghttp2-1.35.0, libuv-1.24.0, lzo2-2.10_1, ninja-1.8.2,2, pbbam-g20180416_1, pbcopper-g20180413_1, pbseqan-g20171002, pkgconf-1.5.4,1, python27-2.7.15, readline-7.0.5, rhash-1.3.5

vcflib-1.0.0.r1.130
C++ library and CLI tools for parsing and manipulating VCF files
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: ca_root_nss-3.40.1, curl-7.62.0, fastahack-g20160702, filevercmp-g20151117, fsom-g20151117, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, htslib-1.9, indexinfo-0.3.1, intervaltree-g20151213, libffi-3.2.1_3, libnghttp2-1.35.0, multichoose-1.0.3.2, python27-2.7.15, readline-7.0.5, smithwaterman-g20160702, tabixpp-1.0.0.10

vcftools-0.1.16
Tools for working with VCF genomics files
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保守担当者: jwb@FreeBSD.org
必要なもの: autoconf-2.69_2, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.16.1_1, gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, m4-1.4.18_1,1, perl5-5.26.3, pkgconf-1.5.4,1

velvet-1.2.10_2
Sequence assembler for very short reads
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保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, gmake-4.2.1_3, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, perl5-5.26.3, python27-2.7.15, readline-7.0.5

wise-2.4.1_1
Intelligent algorithms for DNA searches
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, glib-2.56.3_1,1, indexinfo-0.3.1, libffi-3.2.1_3, libiconv-1.14_11, libxml2-2.9.7, pcre-8.42, pkgconf-1.5.4,1, python27-2.7.15, readline-7.0.5

xmolwt-0.7_7
与えられた分子式から分子量や各元素のパーセントを計算する
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-runtime-0.19.8.1_2, glib12-1.2.10_16, gmake-4.2.1_3, gtk12-1.2.10_28, indexinfo-0.3.1, libICE-1.0.9_3,1, libSM-1.2.3,1, libX11-1.6.7,1, libXau-1.0.8_5, libXdmcp-1.1.2_2, libXext-1.3.3_3,1, libXfixes-5.0.3_2, libXi-1.7.9_2,1, libpthread-stubs-0.4, libxcb-1.13.1, libxml2-2.9.7, xorgproto-2018.4

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