完成自訂設定檔的編輯並儲存之後，便可依據以下步驟編譯核心的原始碼：
切換至此目錄：
# cd /usr/src指定自訂核心設定檔的名稱來編譯新的核心：
# make buildkernel KERNCONF=MYKERNEL安裝使用指定核心設定檔所編譯的新核心。此指令將會複製新核心到 /boot/kernel/kernel 並將舊核心備份到 /boot/kernel.old/kernel：
# make installkernel KERNCONF=MYKERNEL關機並重新開機載入新的核心，若發生錯誤請參考 無法使用核心開機。
預設在自訂核心編譯完成後，所有核心模組也同被重新編譯。要快速更新核心或只編譯自訂的模組，需在開始編譯之前先編輯 /etc/make.conf。
例如，使用以下變數可指定要編譯的模組清單來替代預設編譯所有模組的設定：
MODULES_OVERRIDE = linux acpi或者，可使用以下變數來從編譯程序中排除要編譯的模組：
WITHOUT_MODULES = linux acpi sound尚有其他可用的變數，請參考 make.conf(5) 取得詳細資訊。
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