Bij een gecontroleerde shutdown met shutdown(8) probeert init(8) om het script /etc/rc.shutdown te starten en daarna aan alle processen het TERM signaal te sturen en eventueel het KILL signaal aan alle processen die niet op tijd zijn gestopt.

Om een FreeBSD machine uit te zetten die energiebeheer ondersteund, kan het commando shutdown -p now gegeven worden om gelijk de stroom af te schakelen. Als er herstart moet worden dan kan shutdown -r now gebruikt worden. De gebruiker die dit uitvoert moet wel root zijn of lid van de operator groep om shutdown(8) te mogen gebruiken. halt(8) en reboot(8) kunnen ook gebruikt worden. Meer informatie is in de betreffende handleidingpagina's te vinden.