Skip site navigation (1) Skip section navigation (2)

Порты FreeBSD: Biology

Поиск портов:

Программное обеспечение, связанное с биологией.

FastTree-2.1.8
Approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: binutils-2.25.1,1, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3

InsightToolkit-4.8.2
Insight Toolkit
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: woodsb02@gmail.com
Требует: ca_root_nss-3.21, cmake-3.4.2, cmake-modules-3.4.2, curl-7.47.0, expat-2.1.0_3, jsoncpp-0.6.0.r2_2, libarchive-3.1.2_6,1, lzo2-2.09
Также присутствует в: Science

afni-2012.04.17.2129_12
Advanced Functional Neuro Imaging
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: R-3.2.2, binutils-2.25.1,1, ca_root_nss-3.21, cairo-1.14.6,2, cups-client-2.0.3_2, cups-image-2.0.3_2, curl-7.47.0, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, endian-1.1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gettext-tools-0.19.6, ghostscript9-base-9.06_11, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, gnutls-3.3.17.1_2, graphite2-1.3.3, gsed-4.2.2, gsfonts-8.11_6, gsl-1.16_2, harfbuzz-1.1.3, hdf-szip-2.1_2, hdf5-1.8.15_1, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, inputproto-2.3.1, jasper-1.900.1_15, jbig2dec-0.12, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, lcms2-2.7_2, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libGLU-9.0.0_2, libGLw-8.0.0_2, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXScrnSaver-1.2.2_3, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXi-1.7.6,1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgcrypt-1.6.4_3, libglapi-11.0.8, libgpg-error-1.21, libiconv-1.14_9, libidn-1.31, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libtasn1-4.7, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mDNSResponder-576.30.4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, mpc-1.0.3, mpeg_encode-1.5b, mpfr-3.1.3, netcdf-4.4.0_1, netcdf-fortran-4.4.3, netpbm-10.35.98, nettle-3.2, open-motif-2.3.4_2, p11-kit-0.23.2, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, pkgconf-0.9.12_1, png-1.6.21, printproto-1.0.5, python27-2.7.11_1, qhull5-1.0_3, renderproto-0.11.1, scrnsaverproto-1.2.2, svgalib-1.4.3_7, tcl86-8.6.4, tiff-4.0.6_1, tk86-8.6.4, trousers-tddl-0.3.10_7, videoproto-2.3.2, whirlgif-3.04, xbitmaps-1.1.1, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Science, Graphics

ariadne-1.3
Programs to compare protein sequences and profiles
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4

artemis-9_1
DNA sequence viewer and annotation tool
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: alsa-lib-1.1.0, dejavu-2.35, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, giflib-5.1.1, inputproto-2.3.1, java-zoneinfo-2015.g, javavmwrapper-2.5, kbproto-1.0.7, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXi-1.7.6,1, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXtst-1.2.2_3, libfontenc-1.1.3, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, openjdk8-8.72.15, recordproto-1.14.2, renderproto-0.11.1, xextproto-7.3.0, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Java

avida-2.12.4
Auto-adaptive genetic system designed for ALife research
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: ca_root_nss-3.21, cmake-3.4.2, cmake-modules-3.4.2, curl-7.47.0, expat-2.1.0_3, jsoncpp-0.6.0.r2_2, libarchive-3.1.2_6,1, lzo2-2.09

babel-1.6_4
Converts among various molecular file formats
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Также присутствует в: Converters

bcftools-1.3
Tools for manipulating next-generation sequencing data
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: cartwright@asu.edu
Требует: ca_root_nss-3.21, curl-7.47.0, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, gsl-1.16_2, htslib-1.3, indexinfo-0.2.4

bedtools-2.25.0
Toolset for genome arithmetic
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: scottcheloha@gmail.com
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, libffi-3.2.1, python27-2.7.11_1

biococoa-2.2.2_2
Bioinformatics framework
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: theraven@FreeBSD.org
Требует: avahi-app-0.6.31_5, ca_root_nss-3.21, cairo-1.14.6,2, cups-client-2.0.3_2, damageproto-1.2.1, dbus-1.8.20, dbus-glib-0.104, dri2proto-2.8, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, flac-1.3.1_1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gdbm-1.11_2, gettext-runtime-0.19.6, giflib-5.1.1, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, gnome_subr-1.0, gnustep-back-0.24.1, gnustep-base-1.24.8, gnustep-gui-0.24.1_1, gnustep-make-2.6.7_1, gnutls-3.3.17.1_2, gobject-introspection-1.44.0, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libGLU-9.0.0_2, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXcursor-1.1.14_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXmu-1.1.2_3,1, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libao-1.2.0_2, libdaemon-0.14_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libgcrypt-1.6.4_3, libglapi-11.0.8, libgpg-error-1.21, libiconv-1.14_9, libidn-1.31, libobjc2-1.8.1, libogg-1.3.2_1,4, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libsndfile-1.0.26, libtasn1-4.7, libvorbis-1.3.5,3, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, libxslt-1.1.28_8, llvm36-3.6.2_2, mDNSResponder-576.30.4, nettle-3.2, p11-kit-0.23.2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, python2-2_3, python27-2.7.11_1, renderproto-0.11.1, tiff-4.0.6_1, trousers-tddl-0.3.10_7, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Gnustep

biojava-1.7
Open-source Java tools for processing biological data
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: wenheping@gmail.com
Требует: alsa-lib-1.1.0, apache-ant-1.9.4, dejavu-2.35, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, giflib-5.1.1, inputproto-2.3.1, java-zoneinfo-2015.g, javavmwrapper-2.5, kbproto-1.0.7, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXi-1.7.6,1, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXtst-1.2.2_3, libfontenc-1.1.3, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, openjdk8-8.72.15, recordproto-1.14.2, renderproto-0.11.1, xextproto-7.3.0, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Java

blat-36
Fast tool for local sequence similarity searches
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, libedit-3.1.20150325_1, mysql56-client-5.6.27, png-1.6.21

bwa-0.7.9a
Burrows-Wheeler sequence aligner
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: perl5-5.20.3_8

cd-hit-4.6.4
Clustering and comparing protein or nucleotide sequences
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: binutils-2.25.1,1, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3

cdbfasta-2010.07.22
Fast indexing and retrieval of FASTA records from flat file databases
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4

chemeq-1.50_2
Outputs LaTeX code for chemical reaction
Полное описание | Исходные тексты
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: bison-2.7.1,1, gettext-runtime-0.19.6, indexinfo-0.2.4, m4-1.4.17_1,1
Также присутствует в: Textproc

clustalw-2.1_1
Multiple alignment program for DNA or proteins
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org

consed-27.0
Graphical tool for editing Phrap assemblies
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
Требует: linux-c6-expat-2.0.1_2, linux-c6-fontconfig-2.8.0_1, linux-c6-xorg-libs-7.4_4, linux_base-c6-6.7, perl5-5.20.3_8, phrap-1.090518, phred-0.020425.c

crux-1.2.0_5
Software toolkit for phylogenetic inference
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, libffi-3.2.1, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, python27-2.7.11_1
Также присутствует в: Python

cycle-0.3.1_9
Calendar program for women
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: ORBit2-2.14.19_1, atk-2.16.0, ca_root_nss-3.21, cairo-1.14.6,2, cantarell-fonts-0.0.21, compositeproto-0.4.2, cups-client-2.0.3_2, curl-7.47.0, damageproto-1.2.1, dbus-1.8.20, dbus-glib-0.104, dconf-0.24.0_1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, enchant-1.6.0_5, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gconf2-3.2.6_4, gdk-pixbuf2-2.32.1, geoclue-2.2.0, gettext-runtime-0.19.6, giflib-5.1.1, glib-2.44.1_3, glib-networking-2.44.0, glproto-1.4.17, gmp-5.1.3_2, gnome_subr-1.0, gnutls-3.3.17.1_2, gobject-introspection-1.44.0, graphite2-1.3.3, gsettings-desktop-schemas-3.16.1, gstreamer-0.10.36_4, gstreamer-plugins-0.10.36_6,3, gstreamer1-1.6.3, gstreamer1-plugins-1.6.3, gtk-update-icon-cache-2.24.29, gtk2-2.24.29, harfbuzz-1.1.3, hicolor-icon-theme-0.15, hunspell-1.3.3, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, inputproto-2.3.1, iso-codes-3.63, jasper-1.900.1_15, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, json-glib-1.0.4, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libGLU-9.0.0_2, libICE-1.0.9_1,1, libIDL-0.8.14_2, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXcomposite-0.4.4_3,1, libXcursor-1.1.14_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXi-1.7.6,1, libXinerama-1.1.3_3,1, libXrandr-1.5.0, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgcrypt-1.6.4_3, libglapi-11.0.8, libgpg-error-1.21, libiconv-1.14_9, libidn-1.31, libmspack-0.5, libpciaccess-0.13.4, libproxy-0.4.12, libpthread-stubs-0.3_6, libsecret-0.18.3, libsoup-2.50.0, libtasn1-4.7, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, libxslt-1.1.28_8, llvm36-3.6.2_2, mDNSResponder-576.30.4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, nettle-3.2, nspr-4.11, orc-0.4.24_1, p11-kit-0.23.2, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, polkit-0.113_1, py27-setuptools27-19.2, py27-wxPython-common-3.0.2.0_1, py27-wxPython30-3.0.2.0, python-2.7_2,2, python2-2_3, python27-2.7.11_1, randrproto-1.5.0, renderproto-0.11.1, shared-mime-info-1.5, spidermonkey170-17.0.0_1, sqlite3-3.10.2_1, tiff-4.0.6_1, trousers-tddl-0.3.10_7, videoproto-2.3.2, webkit-gtk2-2.4.9_1, webp-0.4.4_1, wx30-gtk2-3.0.2_4, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xineramaproto-1.2.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Deskutils, Python

emboss-6.6.0_2
Collection of open source tools for genetic sequence analysis
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: wen@FreeBSD.org
Требует: clustalw-2.1_1, expat-2.1.0_3, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXft-2.3.2_1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libgd-2.1.0_7,1, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, open-motif-2.3.4_2, png-1.6.21, primer3-2.3.6, printproto-1.0.5, renderproto-0.11.1, tiff-4.0.6_1, xbitmaps-1.1.1, xextproto-7.3.0, xproto-7.0.28

fasta-21.1.1
Collection of programs for searching DNA and protein databases
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org

fasta3-36.3.8
Collection of programs for searching DNA and protein databases
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: wendell@bsd.com.br

fastdnaml-1.2.2_2
Faster DNAML, makes phylogenetic trees using maximum likelihood
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org

fastool-0.1.4
Simple and quick FastQ and FastA tool for file reading and conversion
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com

fastx_toolkit-0.0.14
CLI tools for Short-Reads FASTA/FASTQ files preprocessing
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: autoconf-2.69, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.15_1, automake-wrapper-20131203, indexinfo-0.2.4, libgtextutils-0.7, libtool-2.4.6, m4-1.4.17_1,1, perl5-5.20.3_8, pkgconf-0.9.12_1

fluctuate-1.40
Program to fit population models
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org

garlic-1.6_1
Molecular viewer, editor, and visualization program
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: maho@FreeBSD.org
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, kbproto-1.0.7, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdmcp-1.1.2, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, xproto-7.0.28

gff2ps-0.98d_2
Converts gff-formated genomic data-sets to PostScript
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: bash-4.3.42_1, gawk-4.1.3_2, gettext-runtime-0.19.6, indexinfo-0.2.4, libsigsegv-2.10_1

gmap-2015.09.21
Genomic Mapping and Alignment Program for mRNA and EST Sequences
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, perl5-5.20.3_8

gperiodic-2.0.10_7
Displays a periodic table of the elements
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: atk-2.16.0, ca_root_nss-3.21, cairo-1.14.6,2, compositeproto-0.4.2, cups-client-2.0.3_2, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gdk-pixbuf2-2.32.1, gettext-runtime-0.19.6, gettext-tools-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, gmp-5.1.3_2, gnutls-3.3.17.1_2, graphite2-1.3.3, gtk-update-icon-cache-2.24.29, gtk2-2.24.29, harfbuzz-1.1.3, hicolor-icon-theme-0.15, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, inputproto-2.3.1, jasper-1.900.1_15, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXcomposite-0.4.4_3,1, libXcursor-1.1.14_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXi-1.7.6,1, libXinerama-1.1.3_3,1, libXrandr-1.5.0, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgcrypt-1.6.4_3, libglapi-11.0.8, libgpg-error-1.21, libiconv-1.14_9, libidn-1.31, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libtasn1-4.7, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mDNSResponder-576.30.4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, nettle-3.2, p11-kit-0.23.2, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, pkgconf-0.9.12_1, png-1.6.21, python-2.7_2,2, python2-2_3, python27-2.7.11_1, randrproto-1.5.0, renderproto-0.11.1, shared-mime-info-1.5, tiff-4.0.6_1, trousers-tddl-0.3.10_7, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xineramaproto-1.2.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28

grappa-2.0
Genome Rearrangements Analysis and Phylogeny Software
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4

hmmer-3.0_1
Profile hidden Markov models for biological sequence analysis
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: perl5-5.20.3_8

htslib-1.3
C library for high-throughput sequencing data formats
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: cartwright@asu.edu
Требует: autoconf-2.69, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.15_1, automake-wrapper-20131203, ca_root_nss-3.21, curl-7.47.0, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, m4-1.4.17_1,1, perl5-5.20.3_8
Также присутствует в: Devel

io_lib-1.14.6
General purpose trace file (and Experiment File) reading interface
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: danilo@FreeBSD.org
Требует: ca_root_nss-3.21, curl-7.47.0, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4

jalview-2.07_2
Viewer and editor for multiple sequence alignments
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: alsa-lib-1.1.0, apache-ant-1.9.4, dejavu-2.35, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, giflib-5.1.1, inputproto-2.3.1, java-zoneinfo-2015.g, javavmwrapper-2.5, kbproto-1.0.7, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXi-1.7.6,1, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXtst-1.2.2_3, libfontenc-1.1.3, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, openjdk8-8.72.15, recordproto-1.14.2, renderproto-0.11.1, xextproto-7.3.0, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Java

lagan-2.0_1
Efficient tools for large-scale multiple alignments of genomic DNA
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: perl5-5.20.3_8

lamarc-2.1.8_1
Package of programs for computing population parameters
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org

libgtextutils-0.7
Gordon's text utilities
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: autoconf-2.69, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.15_1, automake-wrapper-20131203, indexinfo-0.2.4, libtool-2.4.6, m4-1.4.17_1,1, perl5-5.20.3_8, pkgconf-0.9.12_1

libsbml-5.11.4_1
API Library for Working with SBML File
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: ca_root_nss-3.21, cmake-3.4.2, cmake-modules-3.4.2, curl-7.47.0, expat-2.1.0_3, jsoncpp-0.6.0.r2_2, libarchive-3.1.2_6,1, libxml2-2.9.3, lzo2-2.09
Также присутствует в: Devel

linux-foldingathome-5.04
Distributed client for Protein Folding
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: onatan@gmail.com
Требует: linux_base-c6-6.7

mafft-7.266
Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: cartwright@asu.edu
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4

mapm3-3.0
Constructs linkage maps of markers segregating in experimental crosses
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: tphilipp@potion-studios.com

migrate-3.6.11
Program to estimate population sizes and migration rates
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org

minc2-2.2.00_3
Medical Imaging NetCDF
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: autoconf-2.69, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.15_1, automake-wrapper-20131203, bash-4.3.42_1, bison-2.7.1,1, ca_root_nss-3.21, curl-7.47.0, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, hdf-szip-2.1_2, hdf5-1.8.15_1, indexinfo-0.2.4, libtool-2.4.6, m4-1.4.17_1,1, netcdf-4.4.0_1, perl5-5.20.3_8, pkgconf-0.9.12_1
Также присутствует в: Science

molden-5.4_1
Display molecular orbitals and electron densities in 2D and 3D
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: pi@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, damageproto-1.2.1, dri2proto-2.8, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, glproto-1.4.17, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, kbproto-1.0.7, libGL-11.0.8, libGLU-9.0.0_2, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libglapi-11.0.8, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, pciids-20160116, videoproto-2.3.2, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xproto-7.0.28

mopac-7.1.15
Semi-empirical (MNDO, etc.) molecular orbital calculation
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3

mrbayes-3.1.2_1
Bayesian inference of phylogeny
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, readline-6.3.8

mummer-3.23_1
Modular system for rapid whole genome alignment
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, perl5-5.20.3_8

muscle-3.8.31
MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp

ncbi-blast-2.2.30_2
NCBI implementation of Basic Local Alignment Search Tool
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: binutils-2.25.1,1, bzip2-1.0.6, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, libffi-3.2.1, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, p5-Exporter-Tiny-0.042_1, p5-List-MoreUtils-0.413, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, python27-2.7.11_1

ncbi-toolkit-2012.06.20
NCBI development toolkit, including BLAST 2 and GenBank/Entrez support
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: expat-2.1.0_3, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gettext-runtime-0.19.6, indexinfo-0.2.4, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXft-2.3.2_1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, open-motif-2.3.4_2, png-1.6.21, printproto-1.0.5, renderproto-0.11.1, xbitmaps-1.1.1, xextproto-7.3.0, xproto-7.0.28

p5-AcePerl-1.92_4
Perl5 interface to the ACEDB genome database system
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: p5-Cache-2.11, p5-Cache-Cache-1.08, p5-Digest-SHA1-2.13_1, p5-Error-0.17024, p5-File-NFSLock-1.21_1, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-String-1.08_1, p5-IPC-ShareLite-0.17_1, p5-TimeDate-2.30_2,1, perl5-5.20.3_8
Также присутствует в: Databases, Perl5

p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.70_1
Regular expression-based Perl Parser for NCBI Entrez Gene
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: cairo-1.14.6,2, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, graphite2-1.3.3, graphviz-2.38.0_11, harfbuzz-1.1.3, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgd-2.1.0_7,1, libglapi-11.0.8, libiconv-1.14_9, libltdl-2.4.6, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, mysql56-client-5.6.27, p5-Algorithm-Diff-1.1903, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-2.11_1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-Class-AutoClass-1.56_1, p5-Class-Data-Inheritable-0.08_1, p5-Class-Inspector-1.28_1, p5-Class-Method-Modifiers-2.11_1, p5-Clone-0.38, p5-Convert-BinHex-1.125, p5-Convert-Binary-C-0.77, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.033, p5-DBI-1.634, p5-Data-OptList-0.109_1, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.13_1, p5-Devel-StackTrace-2.00, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17024, p5-Exception-Class-1.40, p5-Exporter-Tiny-0.042_1, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-File-Which-1.19, p5-GD-2.56_2, p5-GD-SVG-0.33_6, p5-Graph-0.96_1,1, p5-GraphViz-2.20, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.13, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.03_1, p5-HTTP-Cookies-6.01_1, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.11, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-AutoHash-1.17_1, p5-Hash-AutoHash-Args-1.18_1, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-SessionData-1.03_1, p5-IO-Socket-IP-0.37, p5-IO-Socket-SSL-2.023, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_1, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.94, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-LWP-Protocol-https-6.06_1, p5-List-MoreUtils-0.413, p5-MIME-Tools-5.507,2, p5-Mail-Tools-2.14, p5-Math-Derivative-0.04, p5-Math-Random-0.72, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Runtime-0.014_1, p5-Moo-2.000002, p5-Mozilla-CA-20141217, p5-Net-HTTP-6.09, p5-Net-SSLeay-1.72, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-PostScript-0.06_2, p5-Role-Tiny-2.000001, p5-SOAP-Lite-1.19, p5-SVG-2.64, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Scalar-List-Utils-1.42,1, p5-Set-Scalar-1.26_1, p5-Socket-2.021, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0609, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001011, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Uplevel-0.2500, p5-Task-Weaken-1.04_1, p5-Test-Deep-1.120, p5-Test-Differences-0.630,1, p5-Test-Exception-0.43, p5-Test-Most-0.34_1, p5-Test-Simple-1.001.014, p5-Test-Warn-0.30_2, p5-Text-Diff-1.41_1, p5-Text-Iconv-1.7_2, p5-Text-Shellwords-1.08_1, p5-Text-Tabs+Wrap-2013.0523_1, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tie-ToObject-0.03_2, p5-TimeDate-2.30_2,1, p5-Tree-DAG_Node-1.27, p5-Type-Tiny-1.000005_1, p5-Type-Tiny-XS-0.012_1, p5-URI-1.71, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0123,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.11_1, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-Parser-Lite-0.721, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-0.99_2, p5-XML-SAX-Base-1.08_1, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.56, p5-XML-Simple-2.22, p5-XML-Twig-3.49, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.30, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.14, p5-bioperl-1.6.924_4, p5-libwww-6.15, p5-libxml-0.08_1, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, printproto-1.0.5, python27-2.7.11_1, renderproto-0.11.1, tiff-4.0.6_1, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Perl5

p5-Bio-Das-1.17_3
Client-side library for Distributed Genome Annotation System
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: cairo-1.14.6,2, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, graphite2-1.3.3, graphviz-2.38.0_11, harfbuzz-1.1.3, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgd-2.1.0_7,1, libglapi-11.0.8, libiconv-1.14_9, libltdl-2.4.6, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, mysql56-client-5.6.27, p5-Algorithm-Diff-1.1903, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-2.11_1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-Class-AutoClass-1.56_1, p5-Class-Data-Inheritable-0.08_1, p5-Class-Inspector-1.28_1, p5-Class-Method-Modifiers-2.11_1, p5-Clone-0.38, p5-Convert-BinHex-1.125, p5-Convert-Binary-C-0.77, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.033, p5-DBI-1.634, p5-Data-OptList-0.109_1, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.13_1, p5-Devel-StackTrace-2.00, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17024, p5-Exception-Class-1.40, p5-Exporter-Tiny-0.042_1, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-File-Which-1.19, p5-GD-2.56_2, p5-GD-SVG-0.33_6, p5-Graph-0.96_1,1, p5-GraphViz-2.20, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.13, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.03_1, p5-HTTP-Cookies-6.01_1, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.11, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-AutoHash-1.17_1, p5-Hash-AutoHash-Args-1.18_1, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-SessionData-1.03_1, p5-IO-Socket-IP-0.37, p5-IO-Socket-SSL-2.023, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_1, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.94, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-LWP-Protocol-https-6.06_1, p5-List-MoreUtils-0.413, p5-MIME-Tools-5.507,2, p5-Mail-Tools-2.14, p5-Math-Derivative-0.04, p5-Math-Random-0.72, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Runtime-0.014_1, p5-Moo-2.000002, p5-Mozilla-CA-20141217, p5-Net-HTTP-6.09, p5-Net-SSLeay-1.72, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-PostScript-0.06_2, p5-Role-Tiny-2.000001, p5-SOAP-Lite-1.19, p5-SVG-2.64, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Scalar-List-Utils-1.42,1, p5-Set-Scalar-1.26_1, p5-Socket-2.021, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0609, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001011, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Uplevel-0.2500, p5-Task-Weaken-1.04_1, p5-Test-Deep-1.120, p5-Test-Differences-0.630,1, p5-Test-Exception-0.43, p5-Test-Most-0.34_1, p5-Test-Simple-1.001.014, p5-Test-Warn-0.30_2, p5-Text-Diff-1.41_1, p5-Text-Iconv-1.7_2, p5-Text-Shellwords-1.08_1, p5-Text-Tabs+Wrap-2013.0523_1, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tie-ToObject-0.03_2, p5-TimeDate-2.30_2,1, p5-Tree-DAG_Node-1.27, p5-Type-Tiny-1.000005_1, p5-Type-Tiny-XS-0.012_1, p5-URI-1.71, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0123,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.11_1, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-Parser-Lite-0.721, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-0.99_2, p5-XML-SAX-Base-1.08_1, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.56, p5-XML-Simple-2.22, p5-XML-Twig-3.49, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.30, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.14, p5-bioperl-1.6.924_4, p5-libwww-6.15, p5-libxml-0.08_1, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, printproto-1.0.5, python27-2.7.11_1, renderproto-0.11.1, tiff-4.0.6_1, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Perl5

p5-Bio-Das-Lite-2.11_1
Perl extension for the DAS (HTTP+XML) Protocol
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: ca_root_nss-3.21, curl-7.47.0, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-CPAN-Meta-2.150005, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-File-Listing-6.04_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTTP-Cookies-6.01_1, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.11, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-IP-0.37, p5-IO-Socket-SSL-2.023, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-Module-Build-0.4216, p5-Mozilla-CA-20141217, p5-Net-HTTP-6.09, p5-Net-SSLeay-1.72, p5-Readonly-2.00_1, p5-Socket-2.021, p5-URI-1.71, p5-WWW-Curl-4.17_2, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-libwww-6.15, perl5-5.20.3_8
Также присутствует в: Perl5

p5-Bio-GFF3-2.0_2
Fast low-level functions for parsing and formatting GFF3
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: p5-Exporter-Tiny-0.042_1, p5-File-ReadBackwards-1.05_1, p5-List-MoreUtils-0.413, p5-URI-1.71, perl5-5.20.3_8
Также присутствует в: Perl5

p5-Bio-Glite-0.10_2
Perl Interface to G-language
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-File-Listing-6.04_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTTP-Cookies-6.01_1, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.11, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-Socket-IP-0.37, p5-IO-Socket-SSL-2.023, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-Mozilla-CA-20141217, p5-Net-HTTP-6.09, p5-Net-SSLeay-1.72, p5-Socket-2.021, p5-URI-1.71, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-libwww-6.15, perl5-5.20.3_8
Также присутствует в: Perl5

p5-Bio-Graphics-2.39
Generate GD Images of Bio::Seq Objects
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: ca_root_nss-3.21, cairo-1.14.6,2, curl-7.47.0, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, graphite2-1.3.3, graphviz-2.38.0_11, harfbuzz-1.1.3, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, io_lib-1.14.6, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgd-2.1.0_7,1, libglapi-11.0.8, libiconv-1.14_9, libltdl-2.4.6, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, mysql56-client-5.6.27, p5-Algorithm-Diff-1.1903, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-2.11_1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-Bio-SCF-1.03_1, p5-CPAN-Meta-2.150005, p5-Class-AutoClass-1.56_1, p5-Class-Data-Inheritable-0.08_1, p5-Class-Inspector-1.28_1, p5-Class-Method-Modifiers-2.11_1, p5-Clone-0.38, p5-Convert-BinHex-1.125, p5-Convert-Binary-C-0.77, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.033, p5-DBI-1.634, p5-Data-OptList-0.109_1, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.13_1, p5-Devel-StackTrace-2.00, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17024, p5-Exception-Class-1.40, p5-Exporter-Tiny-0.042_1, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-File-Which-1.19, p5-GD-2.56_2, p5-GD-SVG-0.33_6, p5-Graph-0.96_1,1, p5-GraphViz-2.20, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.13, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.03_1, p5-HTTP-Cookies-6.01_1, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.11, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-AutoHash-1.17_1, p5-Hash-AutoHash-Args-1.18_1, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-SessionData-1.03_1, p5-IO-Socket-IP-0.37, p5-IO-Socket-SSL-2.023, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_1, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.94, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-LWP-Protocol-https-6.06_1, p5-List-MoreUtils-0.413, p5-MIME-Tools-5.507,2, p5-Mail-Tools-2.14, p5-Math-Derivative-0.04, p5-Math-Random-0.72, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Build-0.4216, p5-Module-Runtime-0.014_1, p5-Moo-2.000002, p5-Mozilla-CA-20141217, p5-Net-HTTP-6.09, p5-Net-SSLeay-1.72, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-PostScript-0.06_2, p5-Role-Tiny-2.000001, p5-SOAP-Lite-1.19, p5-SVG-2.64, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Scalar-List-Utils-1.42,1, p5-Set-Scalar-1.26_1, p5-Socket-2.021, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0609, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001011, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Uplevel-0.2500, p5-Task-Weaken-1.04_1, p5-Test-Deep-1.120, p5-Test-Differences-0.630,1, p5-Test-Exception-0.43, p5-Test-Most-0.34_1, p5-Test-Simple-1.001.014, p5-Test-Warn-0.30_2, p5-Text-Diff-1.41_1, p5-Text-Iconv-1.7_2, p5-Text-Shellwords-1.08_1, p5-Text-Tabs+Wrap-2013.0523_1, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tie-ToObject-0.03_2, p5-TimeDate-2.30_2,1, p5-Tree-DAG_Node-1.27, p5-Type-Tiny-1.000005_1, p5-Type-Tiny-XS-0.012_1, p5-URI-1.71, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0123,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.11_1, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-Parser-Lite-0.721, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-0.99_2, p5-XML-SAX-Base-1.08_1, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.56, p5-XML-Simple-2.22, p5-XML-Twig-3.49, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.30, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.14, p5-bioperl-1.6.924_4, p5-libwww-6.15, p5-libxml-0.08_1, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, printproto-1.0.5, python27-2.7.11_1, renderproto-0.11.1, tiff-4.0.6_1, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Perl5

p5-Bio-MAGETAB-1.31_1
Data model and utility API for the MAGE-TAB format
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: p5-Algorithm-C3-0.10_1, p5-B-Hooks-EndOfScope-0.15, p5-Carp-Clan-6.04_1, p5-Class-C3-0.30, p5-Class-Load-0.22, p5-Class-Load-XS-0.09_1, p5-Class-Singleton-1.5_1, p5-Data-OptList-0.109_1, p5-Date-Manip-6.50, p5-DateTime-1.21, p5-DateTime-Format-DateManip-0.04_1, p5-DateTime-Locale-0.92, p5-DateTime-TimeZone-1.95, p5-Devel-GlobalDestruction-0.13_1, p5-Devel-OverloadInfo-0.004, p5-Devel-StackTrace-2.00, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Dist-CheckConflicts-0.11_1, p5-Email-Valid-1.192_1, p5-Eval-Closure-0.13, p5-Exporter-Tiny-0.042_1, p5-List-AllUtils-0.09_1, p5-List-MoreUtils-0.413, p5-MRO-Compat-0.12_1, p5-Mail-Tools-2.14, p5-Module-Implementation-0.09_1, p5-Module-Runtime-0.014_1, p5-Module-Runtime-Conflicts-0.002, p5-Moose-2.1604,1, p5-MooseX-FollowPBP-0.05_1, p5-MooseX-Types-0.46, p5-Net-DNS-1.04,1, p5-Net-Domain-TLD-1.73, p5-Package-DeprecationManager-0.15, p5-Package-Stash-0.37_1, p5-Package-Stash-XS-0.28_1, p5-Params-Coerce-0.14_2, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Params-Validate-1.21, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-ForMethods-0.100052, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001011, p5-Sub-Identify-0.12, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Name-0.14,1, p5-Task-Weaken-1.04_1, p5-Text-CSV_XS-1.18, p5-TimeDate-2.30_2,1, p5-Try-Tiny-0.24, p5-URI-1.71, p5-Variable-Magic-0.59, p5-namespace-autoclean-0.28, p5-namespace-clean-0.26, perl5-5.20.3_8
Также присутствует в: Perl5

p5-Bio-NEXUS-0.78_1
Object-oriented Perl API for the NEXUS file format
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: p5-Clone-PP-1.06_1, perl5-5.20.3_8
Также присутствует в: Perl5

p5-Bio-Phylo-0.58
Phylogenetic analysis using Perl
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: cairo-1.14.6,2, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, graphite2-1.3.3, graphviz-2.38.0_11, harfbuzz-1.1.3, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgd-2.1.0_7,1, libglapi-11.0.8, libiconv-1.14_9, libltdl-2.4.6, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, mysql56-client-5.6.27, p5-Algorithm-Diff-1.1903, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-2.11_1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-Class-AutoClass-1.56_1, p5-Class-Data-Inheritable-0.08_1, p5-Class-Inspector-1.28_1, p5-Class-Method-Modifiers-2.11_1, p5-Clone-0.38, p5-Convert-BinHex-1.125, p5-Convert-Binary-C-0.77, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.033, p5-DBI-1.634, p5-Data-OptList-0.109_1, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Data-TemporaryBag-0.09_1, p5-Devel-GlobalDestruction-0.13_1, p5-Devel-StackTrace-2.00, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17024, p5-Exception-Class-1.40, p5-Exporter-Tiny-0.042_1, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-File-Which-1.19, p5-Font-TTF-1.05, p5-GD-2.56_2, p5-GD-SVG-0.33_6, p5-Graph-0.96_1,1, p5-GraphViz-2.20, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.13, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.03_1, p5-HTTP-Cookies-6.01_1, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.11, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-AutoHash-1.17_1, p5-Hash-AutoHash-Args-1.18_1, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-SessionData-1.03_1, p5-IO-Socket-IP-0.37, p5-IO-Socket-SSL-2.023, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_1, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.94, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-LWP-Protocol-https-6.06_1, p5-List-MoreUtils-0.413, p5-MIME-Tools-5.507,2, p5-Mail-Tools-2.14, p5-Math-Bezier-Convert-0.02_1, p5-Math-CDF-0.1_2, p5-Math-Derivative-0.04, p5-Math-Random-0.72, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Runtime-0.014_1, p5-Moo-2.000002, p5-Mozilla-CA-20141217, p5-Net-HTTP-6.09, p5-Net-SSLeay-1.72, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-PDF-API2-2.025, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-PostScript-0.06_2, p5-Role-Tiny-2.000001, p5-SOAP-Lite-1.19, p5-SVG-2.64, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-SWF-Builder-0.16_2, p5-SWF-File-0.42_2,1, p5-Scalar-List-Utils-1.42,1, p5-Set-Scalar-1.26_1, p5-Socket-2.021, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0609, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001011, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Uplevel-0.2500, p5-Task-Weaken-1.04_1, p5-Test-Deep-1.120, p5-Test-Differences-0.630,1, p5-Test-Exception-0.43, p5-Test-Most-0.34_1, p5-Test-Simple-1.001.014, p5-Test-Warn-0.30_2, p5-Text-Diff-1.41_1, p5-Text-Iconv-1.7_2, p5-Text-Shellwords-1.08_1, p5-Text-Tabs+Wrap-2013.0523_1, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tie-ToObject-0.03_2, p5-TimeDate-2.30_2,1, p5-Tree-DAG_Node-1.27, p5-Type-Tiny-1.000005_1, p5-Type-Tiny-XS-0.012_1, p5-URI-1.71, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0123,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.11_1, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-Parser-Lite-0.721, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-0.99_2, p5-XML-SAX-Base-1.08_1, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.56, p5-XML-Simple-2.22, p5-XML-Twig-3.49, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XML2JSON-0.06_1, p5-XML-XPath-1.30, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.14, p5-YAML-Syck-1.27_1, p5-bioperl-1.6.924_4, p5-libwww-6.15, p5-libxml-0.08_1, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, printproto-1.0.5, python27-2.7.11_1, renderproto-0.11.1, tiff-4.0.6_1, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Perl5

p5-Bio-SCF-1.03_1
Read and Update SCF Chromatographic Sequence Files
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: wen@FreeBSD.org
Требует: ca_root_nss-3.21, curl-7.47.0, io_lib-1.14.6, perl5-5.20.3_8
Также присутствует в: Perl5

p5-bioperl-1.6.924_4
Collection of Perl modules for bioinformatics
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: cairo-1.14.6,2, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, graphite2-1.3.3, graphviz-2.38.0_11, harfbuzz-1.1.3, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgd-2.1.0_7,1, libglapi-11.0.8, libiconv-1.14_9, libltdl-2.4.6, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, mysql56-client-5.6.27, p5-Algorithm-Diff-1.1903, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-2.11_1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-CPAN-Meta-2.150005, p5-Class-AutoClass-1.56_1, p5-Class-Data-Inheritable-0.08_1, p5-Class-Inspector-1.28_1, p5-Class-Method-Modifiers-2.11_1, p5-Clone-0.38, p5-Convert-BinHex-1.125, p5-Convert-Binary-C-0.77, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.033, p5-DBI-1.634, p5-Data-OptList-0.109_1, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.13_1, p5-Devel-StackTrace-2.00, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17024, p5-Exception-Class-1.40, p5-Exporter-Tiny-0.042_1, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-File-Which-1.19, p5-GD-2.56_2, p5-GD-SVG-0.33_6, p5-Graph-0.96_1,1, p5-GraphViz-2.20, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.13, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.03_1, p5-HTTP-Cookies-6.01_1, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.11, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-AutoHash-1.17_1, p5-Hash-AutoHash-Args-1.18_1, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-SessionData-1.03_1, p5-IO-Socket-IP-0.37, p5-IO-Socket-SSL-2.023, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_1, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.94, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-LWP-Protocol-https-6.06_1, p5-List-MoreUtils-0.413, p5-MIME-Tools-5.507,2, p5-Mail-Tools-2.14, p5-Math-Derivative-0.04, p5-Math-Random-0.72, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Build-0.4216, p5-Module-Runtime-0.014_1, p5-Moo-2.000002, p5-Mozilla-CA-20141217, p5-Net-HTTP-6.09, p5-Net-SSLeay-1.72, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-PostScript-0.06_2, p5-Role-Tiny-2.000001, p5-SOAP-Lite-1.19, p5-SVG-2.64, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Scalar-List-Utils-1.42,1, p5-Set-Scalar-1.26_1, p5-Socket-2.021, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0609, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001011, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Uplevel-0.2500, p5-Task-Weaken-1.04_1, p5-Test-Deep-1.120, p5-Test-Differences-0.630,1, p5-Test-Exception-0.43, p5-Test-Most-0.34_1, p5-Test-Simple-1.001.014, p5-Test-Warn-0.30_2, p5-Text-Diff-1.41_1, p5-Text-Iconv-1.7_2, p5-Text-Shellwords-1.08_1, p5-Text-Tabs+Wrap-2013.0523_1, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tie-ToObject-0.03_2, p5-TimeDate-2.30_2,1, p5-Tree-DAG_Node-1.27, p5-Type-Tiny-1.000005_1, p5-Type-Tiny-XS-0.012_1, p5-URI-1.71, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0123,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.11_1, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-Parser-Lite-0.721, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-0.99_2, p5-XML-SAX-Base-1.08_1, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.56, p5-XML-Simple-2.22, p5-XML-Twig-3.49, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.30, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.14, p5-libwww-6.15, p5-libxml-0.08_1, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, printproto-1.0.5, python27-2.7.11_1, renderproto-0.11.1, tiff-4.0.6_1, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Perl5

p5-bioperl-run-1.6.901_1
Wrapper modules for common bioinformatics tools
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: perl@FreeBSD.org
Требует: cairo-1.14.6,2, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, graphite2-1.3.3, graphviz-2.38.0_11, harfbuzz-1.1.3, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgd-2.1.0_7,1, libglapi-11.0.8, libiconv-1.14_9, libltdl-2.4.6, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, mysql56-client-5.6.27, p5-Algorithm-Diff-1.1903, p5-Algorithm-Munkres-0.08_1, p5-Array-Compare-2.11_1, p5-Authen-NTLM-1.09_1, p5-CPAN-Meta-2.150005, p5-Class-AutoClass-1.56_1, p5-Class-Data-Inheritable-0.08_1, p5-Class-Inspector-1.28_1, p5-Class-Method-Modifiers-2.11_1, p5-Clone-0.38, p5-Config-Any-0.26, p5-Config-General-2.60, p5-Config-Tiny-2.23, p5-Convert-BinHex-1.125, p5-Convert-Binary-C-0.77, p5-Crypt-RC4-2.02_1, p5-DBD-mysql-4.033, p5-DBI-1.634, p5-Data-OptList-0.109_1, p5-Data-Stag-0.14_2, p5-Devel-GlobalDestruction-0.13_1, p5-Devel-StackTrace-2.00, p5-Digest-HMAC-1.03_1, p5-Digest-Perl-MD5-1.9_1, p5-Encode-Locale-1.05, p5-Error-0.17024, p5-Exception-Class-1.40, p5-Exporter-Tiny-0.042_1, p5-File-Listing-6.04_1, p5-File-Slurp-Tiny-0.004, p5-File-Sort-1.01_1, p5-File-Which-1.19, p5-GD-2.56_2, p5-GD-SVG-0.33_6, p5-Graph-0.96_1,1, p5-GraphViz-2.20, p5-HTML-Element-Extended-1.18_1, p5-HTML-Parser-3.72, p5-HTML-TableExtract-2.13, p5-HTML-Tagset-3.20_1, p5-HTML-Tree-5.03_1, p5-HTTP-Cookies-6.01_1, p5-HTTP-Daemon-6.01_1, p5-HTTP-Date-6.02_1, p5-HTTP-Message-6.11, p5-HTTP-Negotiate-6.01_1, p5-Hash-AutoHash-1.17_1, p5-Hash-AutoHash-Args-1.18_1, p5-Heap-0.80_1, p5-IO-HTML-1.001_1, p5-IO-SessionData-1.03_1, p5-IO-Socket-IP-0.37, p5-IO-Socket-SSL-2.023, p5-IO-String-1.08_1, p5-IO-Tty-1.12_1, p5-IO-stringy-2.111, p5-IPC-Run-0.94, p5-JSON-XS-3.01_2, p5-LWP-MediaTypes-6.02_1, p5-LWP-Protocol-https-6.06_1, p5-List-MoreUtils-0.413, p5-MIME-Tools-5.507,2, p5-Mail-Tools-2.14, p5-Math-Derivative-0.04, p5-Math-Random-0.72, p5-Math-Spline-0.02_1, p5-Module-Build-0.4216, p5-Module-Pluggable-5.2, p5-Module-Runtime-0.014_1, p5-Moo-2.000002, p5-Mozilla-CA-20141217, p5-Net-HTTP-6.09, p5-Net-SSLeay-1.72, p5-OLE-Storage_Lite-0.19_1, p5-Params-Util-1.07_2, p5-Parse-RecDescent-1.967.009_2, p5-PostScript-0.06_2, p5-Role-Tiny-2.000001, p5-SOAP-Lite-1.19, p5-SVG-2.64, p5-SVG-Graph-0.04_1, p5-Scalar-List-Utils-1.42,1, p5-Set-Scalar-1.26_1, p5-Socket-2.021, p5-Sort-Naturally-1.03_1, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.65_2,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0609, p5-Sub-Exporter-0.987_1, p5-Sub-Exporter-Progressive-0.001011, p5-Sub-Install-0.928_1, p5-Sub-Uplevel-0.2500, p5-Task-Weaken-1.04_1, p5-Test-Deep-1.120, p5-Test-Differences-0.630,1, p5-Test-Exception-0.43, p5-Test-Most-0.34_1, p5-Test-Simple-1.001.014, p5-Test-Warn-0.30_2, p5-Text-Diff-1.41_1, p5-Text-Iconv-1.7_2, p5-Text-Shellwords-1.08_1, p5-Text-Tabs+Wrap-2013.0523_1, p5-Tie-IxHash-1.23_1, p5-Tie-ToObject-0.03_2, p5-TimeDate-2.30_2,1, p5-Tree-DAG_Node-1.27, p5-Type-Tiny-1.000005_1, p5-Type-Tiny-XS-0.012_1, p5-Types-Serialiser-1.0_1, p5-URI-1.71, p5-WWW-RobotRules-6.02_1, p5-XML-DOM-1.44_1, p5-XML-DOM-XPath-0.14_1, p5-XML-Filter-BufferText-1.01_1, p5-XML-LibXML-2.0123,1, p5-XML-NamespaceSupport-1.11_1, p5-XML-Parser-2.44, p5-XML-Parser-Lite-0.721, p5-XML-RegExp-0.04_1, p5-XML-SAX-0.99_2, p5-XML-SAX-Base-1.08_1, p5-XML-SAX-Expat-0.51_1, p5-XML-SAX-Writer-0.56, p5-XML-Simple-2.22, p5-XML-Twig-3.49, p5-XML-Writer-0.625_1, p5-XML-XPath-1.30, p5-XML-XPathEngine-0.14_1, p5-YAML-1.14, p5-YAML-LibYAML-0.59_1, p5-bioperl-1.6.924_4, p5-common-sense-3.73_1, p5-libwww-6.15, p5-libxml-0.08_1, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, printproto-1.0.5, python27-2.7.11_1, renderproto-0.11.1, tiff-4.0.6_1, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Perl5

paml-4.8a
Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: jrm@ftfl.ca
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4

phrap-1.090518
Phrap is a program for assembling shotgun DNA sequence data
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp

phred-0.020425.c
Base calling and quality value assignment on DNA sequencing
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp

phylip-3.696
Phylogeny Inference Package
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: bash-4.3.42_1, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, kbproto-1.0.7, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXaw-1.0.13,2, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXmu-1.1.2_3,1, libXp-1.0.3,1, libXpm-3.5.11_4, libXt-1.1.5,1, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, printproto-1.0.5, xextproto-7.3.0, xproto-7.0.28

phyml-20121109
Simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: autoconf-2.69, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.15_1, automake-wrapper-20131203, indexinfo-0.2.4, m4-1.4.17_1,1, perl5-5.20.3_8

platon-2015.03.30
Tool for viewing molecular/crystallographic structures
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, kbproto-1.0.7, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdmcp-1.1.2, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, xproto-7.0.28

plink-1.07_4
Whole genome association analysis toolset
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: binutils-2.25.1,1, blas-3.5.0_3, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, lapack-3.5.0, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3
Также присутствует в: Science

plinkseq-0.10
Toolset for working with human genetic variation data
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bacon4000@gmail.com
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4
Также присутствует в: Science

primer3-2.3.6
Primer3 helps to choose primers for PCR reactions
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4

protomol-2.0.3_12
OO, component based, framework for molecular dynamics (MD) simulations
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: damageproto-1.2.1, dri2proto-2.8, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, freeglut-3.0.0, inputproto-2.3.1, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libGL-11.0.8, libGLU-9.0.0_2, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXi-1.7.6,1, libXmu-1.1.2_3,1, libXrandr-1.5.0, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libglapi-11.0.8, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, pciids-20160116, png-1.6.21, randrproto-1.5.0, renderproto-0.11.1, tiff-4.0.6_1, videoproto-2.3.2, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xproto-7.0.28

psi88-1.0_8
Plotting wavefunctions (molecular orbitals) in 3D
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3

py27-biopython-1.65
Collection of Python modules for bioinformatics
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: mauricio@arareko.net
Требует: binutils-2.25.1,1, blas-3.5.0_3, cblas-1.0_4, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, lapack-3.5.0, libffi-3.2.1, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, openblas-0.2.14,1, py27-numpy-1.10.4,1, py27-reportlab1-1.21.2_3, py27-setuptools27-19.2, python2-2_3, python27-2.7.11_1, suitesparse-4.0.2_4
Также присутствует в: Python

pycogent-1.5.3_3
Toolkit for statistical analysis of biological sequences
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: wen@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, blas-3.5.0_3, cblas-1.0_4, cython-0.23.4, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, lapack-3.5.0, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, mysql56-client-5.6.27, openblas-0.2.14,1, perl5-5.20.3_8, postgresql93-client-9.3.10_1, py27-Babel-2.2.0_1, py27-Jinja2-2.8, py27-MarkupSafe-0.23, py27-MySQLdb-1.2.5, py27-alabaster-0.7.6, py27-docutils-0.12, py27-numpy-1.10.4,1, py27-psycopg2-2.6.1_1, py27-pygments-2.1, py27-pystemmer-1.3.0_1, py27-pytz-2015.7,1, py27-setuptools27-19.2, py27-six-1.9.0, py27-snowballstemmer-1.2.0_1, py27-sphinx-1.3.1_2, py27-sphinx_rtd_theme-0.1.8, py27-sqlalchemy06-0.6.9_1, py27-sqlite3-2.7.11_7, python2-2_3, python27-2.7.11_1, sqlite3-3.10.2_1, suitesparse-4.0.2_4
Также присутствует в: Python

pyfasta-0.5.2_1
Fast, memory-efficient, pythonic access to fasta sequence files
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: wen@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, blas-3.5.0_3, cblas-1.0_4, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, lapack-3.5.0, libffi-3.2.1, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, openblas-0.2.14,1, py27-numpy-1.10.4,1, py27-setuptools27-19.2, python27-2.7.11_1, suitesparse-4.0.2_4
Также присутствует в: Python

python-nexus-1.32
Generic nexus file format reader for python
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: wen@FreeBSD.org
Требует: gettext-runtime-0.19.6, indexinfo-0.2.4, libffi-3.2.1, py27-setuptools27-19.2, python27-2.7.11_1
Также присутствует в: Python

raster3d-3.0.2_6
Set of tools for generating raster images of proteins and molecules
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: ImageMagick-6.9.3.1,1, binutils-2.25.1,1, ca_root_nss-3.21, cairo-1.14.6,2, cups-client-2.0.3_2, cups-image-2.0.3_2, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fftw3-3.3.3_2, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gdk-pixbuf2-2.32.1, gettext-runtime-0.19.6, ghostscript9-base-9.06_11, ghostscript9-x11-9.06_11, giflib-5.1.1, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, gmp-5.1.3_2, gnutls-3.3.17.1_2, graphite2-1.3.3, gsfonts-8.11_6, harfbuzz-1.1.3, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, inputproto-2.3.1, jasper-1.900.1_15, jbig2dec-0.12, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, lcms2-2.7_2, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXi-1.7.6,1, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libcroco-0.6.8_2, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libfpx-1.3.1.4, libgcrypt-1.6.4_3, libgd-2.1.0_7,1, libglapi-11.0.8, libgpg-error-1.21, libgsf-1.14.34, libiconv-1.14_9, libidn-1.31, liblqr-1-0.4.1_8, libltdl-2.4.6, libpaper-1.1.24.4, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, librsvg2-2.40.12, libtasn1-4.7, libwmf-0.2.8.4_15, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mDNSResponder-576.30.4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, nettle-3.2, openjpeg-2.1.1, p11-kit-0.23.2, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, pkgconf-0.9.12_1, png-1.6.21, python27-2.7.11_1, renderproto-0.11.1, svgalib-1.4.3_7, tiff-4.0.6_1, trousers-tddl-0.3.10_7, videoproto-2.3.2, webp-0.4.4_1, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28
Также присутствует в: Graphics

recombine-1.41
Program to fit population models across sites
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org

ruby21-bio-1.4.1
Integrated environment for Bioinformatics written in Ruby
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: mauricio@arareko.net
Требует: indexinfo-0.2.4, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libyaml-0.1.6_2, ruby-2.1.8,1
Также присутствует в: Ruby

samtools-1.3
Tools for manipulating next-generation sequencing data
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: cartwright@asu.edu
Требует: autoconf-2.69, autoconf-wrapper-20131203, automake-1.15_1, automake-wrapper-20131203, ca_root_nss-3.21, curl-7.47.0, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, htslib-1.3, indexinfo-0.2.4, m4-1.4.17_1,1, perl5-5.20.3_8

seaview-4.5.4.8
Multiple DNA/protein sequence alignment editor
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: bofh@FreeBSD.org
Требует: damageproto-1.2.1, dri2proto-2.8, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, fltk-1.3.3_2, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libGL-11.0.8, libGLU-9.0.0_2, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXinerama-1.1.3_3,1, libXrender-0.9.9, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libglapi-11.0.8, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, pciids-20160116, png-1.6.21, renderproto-0.11.1, videoproto-2.3.2, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xineramaproto-1.2.1, xproto-7.0.28

seqan-1.3.1_3
C++ Sequence Analysis Library
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: h2+fbsdports@fsfe.org
Требует: binutils-2.25.1,1, ca_root_nss-3.21, cmake-3.4.2, cmake-modules-3.4.2, curl-7.47.0, expat-2.1.0_3, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, jsoncpp-0.6.0.r2_2, libarchive-3.1.2_6,1, libffi-3.2.1, lzo2-2.09, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, python27-2.7.11_1

seqio-1.2.2_1
Set of C functions which can read/write biological sequence files
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org

seqtools-4.40.0
Tools for visualising sequence alignments
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: pi@FreeBSD.org
Требует: atk-2.16.0, binutils-2.25.1,1, ca_root_nss-3.21, cairo-1.14.6,2, compositeproto-0.4.2, cups-client-2.0.3_2, curl-7.47.0, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gdk-pixbuf2-2.32.1, gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, gmp-5.1.3_2, gnutls-3.3.17.1_2, graphite2-1.3.3, gtk-update-icon-cache-2.24.29, gtk2-2.24.29, harfbuzz-1.1.3, hicolor-icon-theme-0.15, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, inputproto-2.3.1, jasper-1.900.1_15, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXcomposite-0.4.4_3,1, libXcursor-1.1.14_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXi-1.7.6,1, libXinerama-1.1.3_3,1, libXrandr-1.5.0, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgcrypt-1.6.4_3, libglapi-11.0.8, libgpg-error-1.21, libiconv-1.14_9, libidn-1.31, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libtasn1-4.7, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mDNSResponder-576.30.4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3, nettle-3.2, p11-kit-0.23.2, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, pkgconf-0.9.12_1, png-1.6.21, python-2.7_2,2, python2-2_3, python27-2.7.11_1, randrproto-1.5.0, renderproto-0.11.1, shared-mime-info-1.5, sqlite3-3.10.2_1, tiff-4.0.6_1, trousers-tddl-0.3.10_7, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xineramaproto-1.2.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28

sim4-2003.09.21_1
Algorithm for aligning expressed DNA with genomic sequences
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org

ssaha-3.1c_2
Very fast matching and alignment of DNA sequences
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3

tRNAscan-SE-1.23_1
Improved tool for transfer RNA detection
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: perl5-5.20.3_8

t_coffee-9.03_3
Multiple DNA or protein sequence alignment package
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, clustalw-2.1_1, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3

tinker-7.1.3
General purpose molecular modelling package
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: binutils-2.25.1,1, gcc-4.8.5_2, gcc-ecj-4.5, gettext-runtime-0.19.6, gmp-5.1.3_2, indexinfo-0.2.4, mpc-1.0.3, mpfr-3.1.3

treepuzzle-5.2
Maximum likelihood phylogeny reconstruction using quartets
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: jan.lentfer@web.de

treeviewx-0.5.1s20100823_2
Phylogenetic tree viewer
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: ORBit2-2.14.19_1, atk-2.16.0, ca_root_nss-3.21, cairo-1.14.6,2, compositeproto-0.4.2, cups-client-2.0.3_2, damageproto-1.2.1, dbus-1.8.20, dbus-glib-0.104, dconf-0.24.0_1, dejavu-2.35, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gconf2-3.2.6_4, gdk-pixbuf2-2.32.1, gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, gmake-4.1_2, gmp-5.1.3_2, gnome_subr-1.0, gnutls-3.3.17.1_2, gobject-introspection-1.44.0, graphite2-1.3.3, gstreamer-0.10.36_4, gstreamer-plugins-0.10.36_6,3, gtk-update-icon-cache-2.24.29, gtk2-2.24.29, harfbuzz-1.1.3, hicolor-icon-theme-0.15, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, inputproto-2.3.1, jasper-1.900.1_15, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libGLU-9.0.0_2, libICE-1.0.9_1,1, libIDL-0.8.14_2, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXcomposite-0.4.4_3,1, libXcursor-1.1.14_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXft-2.3.2_1, libXi-1.7.6,1, libXinerama-1.1.3_3,1, libXrandr-1.5.0, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libgcrypt-1.6.4_3, libglapi-11.0.8, libgpg-error-1.21, libiconv-1.14_9, libidn-1.31, libmspack-0.5, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libtasn1-4.7, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mDNSResponder-576.30.4, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, nettle-3.2, nspr-4.11, orc-0.4.24_1, p11-kit-0.23.2, pango-1.36.8_2, pangox-compat-0.0.2_1, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, polkit-0.113_1, python-2.7_2,2, python2-2_3, python27-2.7.11_1, randrproto-1.5.0, renderproto-0.11.1, shared-mime-info-1.5, spidermonkey170-17.0.0_1, tiff-4.0.6_1, trousers-tddl-0.3.10_7, videoproto-2.3.2, wx28-gtk2-2.8.12_6, wx28-gtk2-common-2.8.12_6, wx28-gtk2-contrib-2.8.12_6, wx28-gtk2-contrib-common-2.8.12_6, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xineramaproto-1.2.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xproto-7.0.28

ugene-1.17.0_1
Free, open-source, cross-platform bioinformatics toolkit
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: h2+fbsdports@fsfe.org
Требует: atk-2.16.0, bash-4.3.42_1, ca_root_nss-3.21, cairo-1.14.6,2, compositeproto-0.4.2, damageproto-1.2.1, dejavu-2.35, desktop-file-utils-0.22_3, dri2proto-2.8, encodings-1.0.4_3,1, expat-2.1.0_3, fixesproto-5.0, font-bh-ttf-1.0.3_3, font-misc-ethiopic-1.0.3_3, font-misc-meltho-1.0.3_3, font-util-1.3.1, fontcacheproto-0.1.3, fontconfig-2.11.1_1,1, freetype2-2.6.2, gbm-11.0.8, gdk-pixbuf2-2.32.1, gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, glproto-1.4.17, gobject-introspection-1.44.0, graphite2-1.3.3, gstreamer-0.10.36_4, gstreamer-plugins-0.10.36_6,3, gtk-update-icon-cache-2.24.29, harfbuzz-1.1.3, hicolor-icon-theme-0.15, icu-55.1, indexinfo-0.2.4, inputproto-2.3.1, jasper-1.900.1_15, jbigkit-2.1_1, jpeg-turbo-1.4.2, kbproto-1.0.7, lcms-1.19_6,1, libEGL-11.0.8, libGL-11.0.8, libGLU-9.0.0_2, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXcomposite-0.4.4_3,1, libXcursor-1.1.14_3, libXdamage-1.1.4_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXfontcache-1.0.5_3, libXft-2.3.2_1, libXi-1.7.6,1, libXinerama-1.1.3_3,1, libXmu-1.1.2_3,1, libXrandr-1.5.0, libXrender-0.9.9, libXt-1.1.5,1, libXtst-1.2.2_3, libXv-1.0.10_3,1, libXvMC-1.0.9, libXxf86vm-1.1.4_1, libdevq-0.0.2_1, libdrm-2.4.65_1,1, libedit-3.1.20150325_1, libffi-3.2.1, libfontenc-1.1.3, libglapi-11.0.8, libiconv-1.14_9, libmng-1.0.10_2, libpciaccess-0.13.4, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, libxshmfence-1.2, llvm36-3.6.2_2, mkfontdir-1.0.7, mkfontscale-1.1.2, orc-0.4.24_1, pango-1.36.8_2, pciids-20160116, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pixman-0.32.8, png-1.6.21, python2-2_3, python27-2.7.11_1, qt4-corelib-4.8.7_1, qt4-declarative-4.8.7, qt4-gui-4.8.7, qt4-imageformats-4.8.7, qt4-linguisttools-4.8.7, qt4-moc-4.8.7, qt4-network-4.8.7, qt4-opengl-4.8.7, qt4-qmake-4.8.7, qt4-rcc-4.8.7, qt4-script-4.8.7, qt4-scripttools-4.8.7, qt4-sql-4.8.7, qt4-svg-4.8.7, qt4-testlib-4.8.7, qt4-uic-4.8.7, qt4-webkit-4.8.7, qt4-xml-4.8.7, qt4-xmlpatterns-4.8.7, randrproto-1.5.0, recordproto-1.14.2, renderproto-0.11.1, shared-mime-info-1.5, tiff-4.0.6_1, videoproto-2.3.2, xcb-util-0.4.0_1,1, xcb-util-renderutil-0.3.9_1, xdg-utils-1.0.2.20130919_3, xextproto-7.3.0, xf86vidmodeproto-2.3.1, xineramaproto-1.2.1, xorg-fonts-truetype-7.7_1, xprop-1.2.2, xproto-7.0.28, xset-1.2.3_1
Также присутствует в: Science

velvet-1.2.10_2
Sequence assembler for very short reads
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
Требует: gettext-runtime-0.19.6, gmake-4.1_2, indexinfo-0.2.4, libffi-3.2.1, perl5-5.20.3_8, python27-2.7.11_1

wise-2.4.1
Intelligent algorithms for DNA searches
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: gettext-runtime-0.19.6, glib-2.44.1_3, indexinfo-0.2.4, libffi-3.2.1, libiconv-1.14_9, pcre-8.37_4, perl5-5.20.3_8, pkgconf-0.9.12_1, python27-2.7.11_1

xmolwt-0.7_6
Calculate atom weight and percent of each element for a given formula
Полное описание | Исходные тексты | Основной Web сайт
Поддержкой занимается: ports@FreeBSD.org
Требует: fixesproto-5.0, gettext-runtime-0.19.6, glib12-1.2.10_15, gmake-4.1_2, gtk12-1.2.10_24, indexinfo-0.2.4, inputproto-2.3.1, kbproto-1.0.7, libICE-1.0.9_1,1, libSM-1.2.2_3,1, libX11-1.6.3,1, libXau-1.0.8_3, libXdmcp-1.1.2, libXext-1.3.3_1,1, libXfixes-5.0.1_3, libXi-1.7.6,1, libpthread-stubs-0.3_6, libxcb-1.11.1, libxml2-2.9.3, xextproto-7.3.0, xproto-7.0.28

top -- Index