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FreeBSD Ports: Biology

生物学に関連するソフトウェア。

InsightToolkit-2.8.1_2
Insight Toolkit
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: jwbacon@tds.net
必要なもの: cmake-2.6.4
ここにも含まれています: Science

LBreeder-1.0_13
Allows you to display and breed L-system forms
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: atk-1.26.0, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.8.8,1, compositeproto-0.4, damageproto-1.1.0_2, dri2proto-2.0, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gamin-0.1.10_3, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.20.5, glib-2.20.5, gmake-3.81_3, gtk-2.16.6, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.5.0, jasper-1.900.1_8, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXcomposite-0.4.0,1, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.2.1,1, libXinerama-1.0.3,1, libXmu-1.0.4,1, libXrandr-1.3.0, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libfontenc-1.0.4, libglut-7.4.4, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, mkfontdir-1.0.4, mkfontscale-1.0.6, pango-1.24.5, pcre-8.00, perl-5.8.9_3, pixman-0.16.0, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, python26-2.6.2_3, randrproto-1.3.0, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.60_1, tiff-3.9.2, wxgtk2-2.4.2_17, xcb-proto-1.5, xcb-util-0.3.6_1, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.4, xproto-7.0.15

adun-0.8.2_2
Molecular Simulator for GNUstep
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: dinoex@FreeBSD.org
必要なもの: aspell-0.60.6_2, cups-client-1.3.10_4, expat-2.0.1, ffcall-1.10_1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gcc-4.2.5.20090325, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, gnustep-back-0.16.0_1, gnustep-base-1.18.0, gnustep-gui-0.16.0_1, gnustep-make-2.2.0_1, gnutls-2.8.3, gsl-1.12, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXft-2.1.13, libXmu-1.0.4,1, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libaudiofile-0.2.6_1, libgcrypt-1.4.4, libgmp-4.3.1, libgpg-error-1.7, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libungif-4.1.4_5, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, libxslt-1.1.26, mpfr-2.4.1_1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, portaudio-19.20071207, python26-2.6.2_3, renderproto-0.9.3, tiff-3.9.2, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Gnustep

afni-2008.01.02.1043_2
Advanced Functional Neuro Imaging
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: jwbacon@tds.net
必要なもの: damageproto-1.1.0_2, dri2proto-2.0, endian-1.0, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, inputproto-1.5.0, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libGLw-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXi-1.2.1,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, mpeg_encode-1.5b, netpbm-10.26.63_1, open-motif-2.2.3_6, perl-5.8.9_3, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, tiff-3.9.2, whirlgif-3.04, xbitmaps-1.0.1, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Science, Graphics

ariadne-1.3
Programs to compare protein sequences and profiles
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

artemis-9_1
A DNA sequence viewer and annotation tool
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: diablo-jdk-1.6.0.07.02_6, inputproto-1.5.0, javavmwrapper-2.3.3, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXi-1.2.1,1, libXp-1.0.0,1, libXt-1.0.5_1, libXtst-1.0.3_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, recordproto-1.13.2, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Java

avida-2.8.1_1
Avida is an auto-adaptive genetic system designed for ALife research
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: cmake-2.6.4, gcc-4.2.5.20090325, libgmp-4.3.1, libiconv-1.13.1, mpfr-2.4.1_1

babel-1.6_3
様々な分子ファイルのフォーマット間で変換をおこなうプログラム
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
ここにも含まれています: Converters

belvu-2.29
A viewer for multiple sequence alignments
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: linux_base-fc-4_15

biococoa-1.6.0_2
Bioinformatics framework
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: dinoex@FreeBSD.org
必要なもの: aspell-0.60.6_2, cups-client-1.3.10_4, expat-2.0.1, ffcall-1.10_1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gcc-4.2.5.20090325, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, gnustep-back-0.16.0_1, gnustep-base-1.18.0, gnustep-gui-0.16.0_1, gnustep-make-2.2.0_1, gnutls-2.8.3, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXft-2.1.13, libXmu-1.0.4,1, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libaudiofile-0.2.6_1, libgcrypt-1.4.4, libgmp-4.3.1, libgpg-error-1.7, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libungif-4.1.4_5, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, libxslt-1.1.26, mpfr-2.4.1_1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, portaudio-19.20071207, python26-2.6.2_3, renderproto-0.9.3, tiff-3.9.2, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Gnustep

biojava-1.7,1
生物学のデータ処理のためのオープンソース java ツール
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: wenheping@gmail.com
必要なもの: apache-ant-1.7.1, diablo-jdk-1.6.0.07.02_6, inputproto-1.5.0, javavmwrapper-2.3.3, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXi-1.2.1,1, libXp-1.0.0,1, libXt-1.0.5_1, libXtst-1.0.3_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, recordproto-1.13.2, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Java

blat-34
A fast tool for local sequence similarity searches
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

boinc-simap-5.10.5.09_2
Similarity Matrix of Proteins project for BOINC
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: pav@FreeBSD.org
必要なもの: ORBit2-2.14.17, atk-1.26.0, bitstream-vera-1.10_4, boinc-client-6.4.5_4, ca_root_nss-3.11.9_2, cairo-1.8.8,1, compositeproto-0.4, curl-7.19.6_1, damageproto-1.1.0_2, dbus-1.2.4.6_1, dbus-glib-0.82, dri2proto-2.0, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gamin-0.1.10_3, gconf2-2.26.2_1, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.20.5, glib-2.20.5, gnome_subr-1.0, gnomehier-2.3_12, gstreamer-0.10.24, gstreamer-plugins-0.10.24,3, gtk-2.16.6, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.5.0, jasper-1.900.1_8, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libIDL-0.8.13, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXcomposite-0.4.0,1, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.2.1,1, libXinerama-1.0.3,1, libXmu-1.0.4,1, libXrandr-1.3.0, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libXv-1.0.4,1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libfontenc-1.0.4, libglut-7.4.4, libiconv-1.13.1, libmspack-0.0.20060920, liboil-0.3.16, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, mkfontdir-1.0.4, mkfontscale-1.0.6, pango-1.24.5, pcre-8.00, perl-5.8.9_3, pixman-0.16.0, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, policykit-0.9_5, popt-1.14, python26-2.6.2_3, randrproto-1.3.0, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.60_1, tiff-3.9.2, videoproto-2.2.2, wxgtk2-2.8.10_1, wxgtk2-common-2.8.10_1, xcb-proto-1.5, xcb-util-0.3.6_1, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.4, xproto-7.0.15

chemeq-1.50_1
化学反応の LaTeX のコードを出力する
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: bison-2.4.1,1, gettext-0.17_1, libiconv-1.13.1, m4-1.4.13,1
ここにも含まれています: Textproc

clustalw-2.0.6
多重配列整列プログラム CLUSTAL W
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: wenheping@gmail.com

consed-16.0
A graphical tool for editing Phrap assemblies
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: mzaki@biol.s.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: linux-expat-1.95.8_2, linux-fontconfig-2.2.3_9, linux-xorg-libs-6.8.2_7, linux_base-fc-4_15, perl-5.8.9_3, phd2fasta-0.990622.f, phrap-0.990329, phred-0.020425.c

crimap-2.4
Creation of multilocus linkage maps
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org

crux-1.2.0_1
Software toolkit for phylogenetic inference
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: jasone@FreeBSD.org
必要なもの: gcc-4.4.3.20091103, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libgmp-4.3.1, libiconv-1.13.1, mpfr-2.4.1_1, python26-2.6.2_3
ここにも含まれています: Python

cycle-0.3.1_3
A calendar program for women
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: danfe@FreeBSD.org
必要なもの: atk-1.26.0, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.8.8,1, compositeproto-0.4, damageproto-1.1.0_2, dri2proto-2.0, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gamin-0.1.10_3, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.20.5, glib-2.20.5, gtk-2.16.6, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.5.0, jasper-1.900.1_8, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXcomposite-0.4.0,1, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.2.1,1, libXinerama-1.0.3,1, libXmu-1.0.4,1, libXrandr-1.3.0, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libfontenc-1.0.4, libglut-7.4.4, libiconv-1.13.1, libmspack-0.0.20060920, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, mkfontdir-1.0.4, mkfontscale-1.0.6, pango-1.24.5, pcre-8.00, perl-5.8.9_3, pixman-0.16.0, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, py26-imaging-1.1.6_3, py26-numeric-24.2_3, py26-opengl-3.0.0_1, py26-tkinter-2.6.2_3, py26-wxPython-2.6.3.3_2, py26-wxPython-common-2.6.3.3_3, python26-2.6.2_3, randrproto-1.3.0, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.60_1, tcl-8.5.7_1, tcl-modules-8.5.7, tiff-3.9.2, tk-8.5.7, wxgtk2-2.6.4_1, wxgtk2-common-2.6.4_1, wxgtk2-contrib-2.6.4_1, wxgtk2-contrib-common-2.6.4_1, xcb-proto-1.5, xcb-util-0.3.6_1, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.4, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Deskutils, Python

distribfold-0.1.20040613
distributedfolding.org distributed protein folding project
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: compat4x-i386-5.3_9, localedata-5.4
ここにも含まれています: Net

dna-qc-1993.07.26
A quality control algorithm for DNA sequencing projects
詳しい説明 | パッケージ | ソース
保守担当者: ports@FreeBSD.org

dotter-20021204
A viewer for multiple sequence alignments
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: linux_base-fc-4_15

dtiquery-1.1_2
Stanford DTI Visualization tool
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: jwbacon@tds.net
必要なもの: ORBit2-2.14.17, atk-1.26.0, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.8.8,1, compositeproto-0.4, cups-client-1.3.10_4, damageproto-1.1.0_2, dbus-1.2.4.6_1, dbus-glib-0.82, dri2proto-2.0, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gamin-0.1.10_3, gconf2-2.26.2_1, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.20.5, gl2ps-1.3.5, glib-2.20.5, gmake-3.81_3, gnome_subr-1.0, gnomehier-2.3_12, gnutls-2.8.3, gstreamer-0.10.24, gstreamer-plugins-0.10.24,3, gtk-2.16.6, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.5.0, jama-1.2.5, jasper-1.900.1_8, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, lcms-1.18a_1,1, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libIDL-0.8.13, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXcomposite-0.4.0,1, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.2.1,1, libXinerama-1.0.3,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXrandr-1.3.0, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libXv-1.0.4,1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libfontenc-1.0.4, libgcrypt-1.4.4, libgpg-error-1.7, libiconv-1.13.1, libmng-1.0.10_1, libmspack-0.0.20060920, liboil-0.3.16, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, mkfontdir-1.0.4, mkfontscale-1.0.6, nas-1.9.1_3, pango-1.24.5, pcre-8.00, perl-5.8.9_3, pixman-0.16.0, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, policykit-0.9_5, popt-1.14, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, qt-3.3.8_10, randrproto-1.3.0, rapid-2.01, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.60_1, tcl-8.4.19_3,1, tiff-3.9.2, tk-8.4.19_2,2, tnt-1.2.6, videoproto-2.2.2, vtk-5.0.4_5, wxgtk2-2.8.10_1, wxgtk2-common-2.8.10_1, xcb-proto-1.5, xcb-util-0.3.6_1, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.4, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Science

embassy-6.0.0_1
A collection of contributed EMBOSS applications
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: emboss-6.0.1_1, freetype2-2.3.9_1, gd-2.0.35_2,1, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, open-motif-2.2.3_6, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xbitmaps-1.0.1, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15

emboss-6.0.1_1
遺伝配列解析のためのオープンソースツールコレクション
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: clustalw-2.0.6, freetype2-2.3.9_1, gd-2.0.35_2,1, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libtool-2.2.6a_1, libxcb-1.4, open-motif-2.2.3_6, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, primer3-1.1.3, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xbitmaps-1.0.1, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15

fasta-21.u1.d1
DNA, タンパク質データベース検索用のプログラム集
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保守担当者: ports@FreeBSD.org

fasta3-35.4.9
DNA, タンパク質データベース検索用のプログラム集, V 3
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar

fastdnaml-1.2.2_1
DNAML の高速版, 最尤法により系統樹を作成する
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

finchtv-1.3.1
A chromatogram trace viewer
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: linux_base-fc-4_15

fluctuate-1.40
A program to fit population models
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保守担当者: ports@FreeBSD.org

garlic-1.5_2
Molecular viewer, editor and visualization program
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保守担当者: maho@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, kbproto-1.0.3, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, pkg-config-0.23_1, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xproto-7.0.15

genpak-0.26_5
GP は DNA 配列を扱うユーティリティ群です
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: freetype2-2.3.9_1, gd-2.0.35_2,1, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, jpeg-7, libiconv-1.13.1, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40

gff2ps-0.98d_2
Converts gff-formated genomic data-sets to PostScript
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: bash-4.0.33_2, gawk-3.1.6_1, gettext-0.17_1, libiconv-1.13.1

gmap-2006.04.21
A Genomic Mapping and Alignment Program for mRNA and EST Sequences
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保守担当者: rpz@cse.wustl.edu
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

gperiodic-2.0.10_3
元素の周期表を表示する
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: atk-1.26.0, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.8.8,1, compositeproto-0.4, damageproto-1.1.0_2, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gamin-0.1.10_3, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.20.5, glib-2.20.5, gtk-2.16.6, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.5.0, intltool-0.40.6, jasper-1.900.1_8, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXcomposite-0.4.0,1, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.2.1,1, libXinerama-1.0.3,1, libXrandr-1.3.0, libXrender-0.9.4_1, libfontenc-1.0.4, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, mkfontdir-1.0.4, mkfontscale-1.0.6, p5-XML-Parser-2.36_1, pango-1.24.5, pcre-8.00, perl-5.8.9_3, pixman-0.16.0, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, python26-2.6.2_3, randrproto-1.3.0, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.60_1, tiff-3.9.2, xcb-proto-1.5, xcb-util-0.3.6_1, xextproto-7.0.5, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.4, xproto-7.0.15

grappa-2.0
Genome Rearrangements Analysis and Phylogeny Software
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

hmmer-2.3.2
生物学的時系列解析のための隠れマルコフモデルを求める
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: perl-5.8.9_3

io_lib-1.12.1
A general purpose trace file(and Experiment File) reading interface
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保守担当者: wenheping@gmail.com
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1, libtool-2.2.6a_1

jalview-2.07_2
A viewer and editor for multiple sequence alignments
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: apache-ant-1.7.1, diablo-jdk-1.6.0.07.02_6, inputproto-1.5.0, javavmwrapper-2.3.3, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXi-1.2.1,1, libXp-1.0.0,1, libXt-1.0.5_1, libXtst-1.0.3_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, recordproto-1.13.2, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Java

kinemage-5.79_1
特殊な関数を用いて分子を可視化するプログラム
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, open-motif-2.2.3_6, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xbitmaps-1.0.1, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15

lagan-1.2
Efficient tools for large-scale multiple alignments of genomic DNA
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: perl-5.8.9_3

lamarc-2.1.3,1
A package of programs for computing population parameters
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保守担当者: pgollucci@FreeBSD.org

libgenome-0.5.2_1
Toolkit for developing bioinformatic related software in C++
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: libtool-2.2.6a_1

libsbml-4.0.0
An API Library for Working with SBML File
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: wen@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1, libxml2-2.7.6, pkg-config-0.23_1
ここにも含まれています: Devel

linux-foldingathome-5.04
Distributed client for Protein Folding
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保守担当者: onatan@gmail.com
必要なもの: linux_base-fc-4_15

lsysexp-0.67_9
A GTK based program for viewing and creating L-system fractals
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: atk-1.26.0, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.8.8,1, compositeproto-0.4, damageproto-1.1.0_2, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gamin-0.1.10_3, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.20.5, glib-2.20.5, gtk-2.16.6, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.5.0, intltool-0.40.6, jasper-1.900.1_8, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXcomposite-0.4.0,1, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.2.1,1, libXinerama-1.0.3,1, libXrandr-1.3.0, libXrender-0.9.4_1, libfontenc-1.0.4, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, mkfontdir-1.0.4, mkfontscale-1.0.6, p5-XML-Parser-2.36_1, pango-1.24.5, pcre-8.00, perl-5.8.9_3, pixman-0.16.0, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, python26-2.6.2_3, randrproto-1.3.0, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.60_1, tiff-3.9.2, xcb-proto-1.5, xcb-util-0.3.6_1, xextproto-7.0.5, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.4, xproto-7.0.15

mafft-5.743
Multiple sequence alignments based on fast Fourier transform
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: fasta3-35.4.9

mapm3-3.0
Constructs linkage maps of markers segregating in experimental crosses
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: tphilipp@potion-studios.com

migrate-3.0.3
A program to estimate population sizes and migration rates
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org

minc-1.4_2
Medical Imaging NetCDF
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: jwbacon@tds.net
必要なもの: libtool-2.2.6a_1, netcdf-3.6.3_4
ここにも含まれています: Science

minc-2.0.09_1
Medical Imaging NetCDF
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: jwbacon@tds.net
必要なもの: hdf5-1.6.9_1, libtool-2.2.6a_1, netcdf-3.6.3_4
ここにも含まれています: Science

molden-4.6_2,1
分子軌道と電子密度を 2D と 3D で表示する
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: oivulf@gmail.com
必要なもの: damageproto-1.1.0_2, dri2proto-2.0, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, gcc-4.4.3.20091103, inputproto-1.5.0, kbproto-1.0.3, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXi-1.2.1,1, libXmu-1.0.4,1, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libglut-7.4.4, libgmp-4.3.1, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, mpfr-2.4.1_1, pkg-config-0.23_1, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xproto-7.0.15

mopac-7.1.10_1,1
半経験的分子軌道計算 (MNDO, etc.)
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: f2c-20060810_3, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

mrbayes-3.1.2_1
Bayesian inference of phylogeny
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1, readline-6.0_1

mummer-3.21
A modular system for rapid whole genome alignment
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: scjamorim@bsd.com.br
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

muscle-3.6
MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

ncbi-toolkit-2009.03.01
National Center for Biotechnology Information (NCBI) の開発キット
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, open-motif-2.2.3_6, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xbitmaps-1.0.1, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15

njplot-2.1_1
Phylogenetic tree drawing program capable of interactive manipulation
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, ncbi-toolkit-2009.03.01, open-motif-2.2.3_6, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xbitmaps-1.0.1, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15

ortep3-1.0.3_5
Oak Ridge の結晶構造用の Thermal Ellipsoid プロットプログラム
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gcc-4.4.3.20091103, libgmp-4.3.1, libiconv-1.13.1, mpfr-2.4.1_1

p5-AcePerl-1.92
ACEDB ゲノムデータベース用の perl インタフェイス
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: pgollucci@FreeBSD.org
必要なもの: p5-Cache-2.04_1, p5-Cache-Cache-1.06, p5-Digest-MD5-2.39, p5-Digest-SHA1-2.12, p5-Error-0.17015, p5-File-NFSLock-1.20, p5-Heap-0.80, p5-IO-String-1.08, p5-IPC-ShareLite-0.17, p5-Scalar-List-Utils-1.21,1, p5-TimeDate-1.16,1, perl-5.8.9_3
ここにも含まれています: Databases, Perl5

p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.091
Regular expression-based Perl Parser for NCBI Entrez Gene
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: perl-5.8.9_3
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-Das-1.14
Client-side library for Distributed Genome Annotation System
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: perl@FreeBSD.org
必要なもの: expat-2.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gd-2.0.35_2,1, gettext-0.17_1, graphviz-2.24.0_1, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.13.1, libltdl-2.2.6a_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, mysql-client-5.0.87, p5-AcePerl-1.92, p5-Algorithm-C3-0.08, p5-Algorithm-Munkres-0.08, p5-Array-Compare-2.01, p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.091, p5-Cache-2.04_1, p5-Cache-Cache-1.06, p5-Class-AutoClass-1.01, p5-Class-C3-0.21, p5-Class-MOP-0.94, p5-Clone-0.31, p5-Compress-Raw-Zlib-2.021, p5-Compress-Zlib-2.015, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Convert-Binary-C-0.74, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.012, p5-DBI-1.60.9, p5-Data-OptList-0.104, p5-Data-Stag-0.11, p5-Devel-GlobalDestruction-0.02, p5-Digest-MD5-2.39, p5-Digest-SHA1-2.12, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17015, p5-ExtUtils-CBuilder-0.27,1, p5-ExtUtils-ParseXS-2.21, p5-File-NFSLock-1.20, p5-File-Temp-0.22, p5-GD-2.44, p5-GD-SVG-0.33_1, p5-Graph-0.91,1, p5-GraphViz-2.04_1, p5-HTML-Parser-3.64, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-Heap-0.80, p5-IO-Compress-Base-2.015, p5-IO-Compress-Zlib-2.015, p5-IO-Socket-SSL-1.31, p5-IO-String-1.08, p5-IO-Tty-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-Run-0.84, p5-IPC-ShareLite-0.17, p5-List-MoreUtils-0.25.02, p5-MIME-Lite-3.02.7, p5-MIME-Tools-5.427_1,2, p5-MIME-Types-1.28, p5-MRO-Compat-0.11, p5-Mail-Tools-2.04, p5-Math-Random-0.71, p5-Module-Build-0.35, p5-Moose-0.92, p5-Net-SSLeay-1.35_2, p5-OLE-Storage_Lite-0.18, p5-Params-Util-1.00, p5-Parse-RecDescent-1.962.2, p5-PostScript-0.06, p5-SOAP-Lite-0.710.08_1, p5-SVG-2.49, p5-SVG-Graph-0.02, p5-Scalar-List-Utils-1.21,1, p5-Scope-Guard-0.03, p5-Set-Scalar-1.24, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.49,1, p5-Storable-2.21, p5-Sub-Exporter-0.982, p5-Sub-Install-0.925, p5-Sub-Name-0.04, p5-Task-Weaken-1.03, p5-Test-Harness-3.17, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-ParseWords-3.27, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-TimeDate-1.16,1, p5-Try-Tiny-0.02, p5-URI-1.40, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-DOM-XPath-0.14, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.10, p5-XML-Parser-2.36_1, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.96, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.52, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.606, p5-XML-XPath-1.13, p5-XML-XPathEngine-0.12, p5-YAML-0.70, p5-bioperl-1.6.0_1, p5-libwww-5.833, p5-libxml-0.08, p5-version-0.78, perl-5.8.9_3, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-Glite-0.10
An Perl Interface to G-language
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保守担当者: wenheping@gmail.com
必要なもの: p5-Compress-Raw-Zlib-2.021, p5-Compress-Zlib-2.015, p5-Data-Dumper-2.125, p5-HTML-Parser-3.64, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-IO-Compress-Base-2.015, p5-IO-Compress-Zlib-2.015, p5-URI-1.40, p5-libwww-5.833, perl-5.8.9_3
ここにも含まれています: Perl5

p5-Bio-Graphics-1.982
Generate GD Images of Bio::Seq Objects
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保守担当者: wenheping@gmail.com
必要なもの: expat-2.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gd-2.0.35_2,1, gettext-0.17_1, graphviz-2.24.0_1, io_lib-1.12.1, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.13.1, libltdl-2.2.6a_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, mysql-client-5.0.87, p5-AcePerl-1.92, p5-Algorithm-C3-0.08, p5-Algorithm-Munkres-0.08, p5-Array-Compare-2.01, p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.091, p5-Bio-SCF-1.01, p5-Cache-2.04_1, p5-Cache-Cache-1.06, p5-Class-AutoClass-1.01, p5-Class-C3-0.21, p5-Class-MOP-0.94, p5-Clone-0.31, p5-Compress-Raw-Zlib-2.021, p5-Compress-Zlib-2.015, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Convert-Binary-C-0.74, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.012, p5-DBI-1.60.9, p5-Data-OptList-0.104, p5-Data-Stag-0.11, p5-Devel-GlobalDestruction-0.02, p5-Digest-MD5-2.39, p5-Digest-SHA1-2.12, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17015, p5-ExtUtils-CBuilder-0.27,1, p5-ExtUtils-MakeMaker-6.54, p5-ExtUtils-ParseXS-2.21, p5-File-NFSLock-1.20, p5-File-Temp-0.22, p5-GD-2.44, p5-GD-SVG-0.33_1, p5-Graph-0.91,1, p5-GraphViz-2.04_1, p5-HTML-Parser-3.64, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-Heap-0.80, p5-IO-Compress-Base-2.015, p5-IO-Compress-Zlib-2.015, p5-IO-Socket-SSL-1.31, p5-IO-String-1.08, p5-IO-Tty-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-Run-0.84, p5-IPC-ShareLite-0.17, p5-List-MoreUtils-0.25.02, p5-MIME-Lite-3.02.7, p5-MIME-Tools-5.427_1,2, p5-MIME-Types-1.28, p5-MRO-Compat-0.11, p5-Mail-Tools-2.04, p5-Math-Random-0.71, p5-Module-Build-0.35, p5-Moose-0.92, p5-Net-SSLeay-1.35_2, p5-OLE-Storage_Lite-0.18, p5-Params-Util-1.00, p5-Parse-RecDescent-1.962.2, p5-PostScript-0.06, p5-SOAP-Lite-0.710.08_1, p5-SVG-2.49, p5-SVG-Graph-0.02, p5-Scalar-List-Utils-1.21,1, p5-Scope-Guard-0.03, p5-Set-Scalar-1.24, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.49,1, p5-Statistics-Descriptive-3.0100, p5-Storable-2.21, p5-Sub-Exporter-0.982, p5-Sub-Install-0.925, p5-Sub-Name-0.04, p5-Task-Weaken-1.03, p5-Test-Harness-3.17, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-ParseWords-3.27, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-TimeDate-1.16,1, p5-Try-Tiny-0.02, p5-URI-1.40, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-DOM-XPath-0.14, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.10, p5-XML-Parser-2.36_1, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.96, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.52, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.606, p5-XML-XPath-1.13, p5-XML-XPathEngine-0.12, p5-YAML-0.70, p5-bioperl-1.6.0_1, p5-libwww-5.833, p5-libxml-0.08, p5-version-0.78, perl-5.8.9_3, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
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p5-Bio-MAGETAB-0.98
A data model and utility API for the MAGE-TAB format
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必要なもの: p5-Algorithm-C3-0.08, p5-B-Hooks-EndOfScope-0.08, p5-Carp-Clan-6.04, p5-Class-C3-0.21, p5-Class-MOP-0.94, p5-Class-Singleton-1.4, p5-Data-OptList-0.104, p5-Date-Manip-5.54, p5-DateTime-0.51, p5-DateTime-Format-DateManip-0.04, p5-DateTime-Locale-0.44, p5-DateTime-TimeZone-1.03, p5-Devel-GlobalDestruction-0.02, p5-Digest-HMAC-1.01, p5-Digest-SHA1-2.12, p5-Email-Valid-0.182, p5-IO-Socket-INET6-2.56, p5-List-MoreUtils-0.25.02, p5-MRO-Compat-0.11, p5-Mail-Tools-2.04, p5-Math-BigInt-1.89, p5-Moose-0.92, p5-Moose-Policy-0.03, p5-MooseX-Types-0.20, p5-Net-DNS-0.65, p5-Net-Domain-TLD-1.68, p5-Net-IP-1.25_1, p5-Params-Coerce-0.14, p5-Params-Util-1.00, p5-Params-Validate-0.92_1, p5-Parse-RecDescent-1.962.2, p5-Scalar-List-Utils-1.21,1, p5-Scope-Guard-0.03, p5-Socket6-0.23, p5-Sub-Exporter-0.982, p5-Sub-Install-0.925, p5-Sub-Name-0.04, p5-Sub-Uplevel-0.2002, p5-Task-Weaken-1.03, p5-Test-Exception-0.27, p5-Test-Simple-0.94, p5-Text-CSV_XS-0.69, p5-TimeDate-1.16,1, p5-Try-Tiny-0.02, p5-URI-1.40, p5-Variable-Magic-0.38, p5-namespace-clean-0.11, p5-version-0.78, perl-5.8.9_3
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p5-Bio-NEXUS-0.72
An object-oriented Perl API for the NEXUS file format
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保守担当者: wenheping@gmail.com
必要なもの: p5-Clone-PP-1.02, p5-Test-Deep-0.106, p5-Test-NoWarnings-0.084, p5-Test-Tester-0.10.7, perl-5.8.9_3
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p5-Bio-Phylo-0.16_1
Phylogenetic analysis using perl
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: expat-2.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gd-2.0.35_2,1, gettext-0.17_1, graphviz-2.24.0_1, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.13.1, libltdl-2.2.6a_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, mysql-client-5.0.87, p5-AcePerl-1.92, p5-Algorithm-C3-0.08, p5-Algorithm-Munkres-0.08, p5-Array-Compare-2.01, p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.091, p5-Cache-2.04_1, p5-Cache-Cache-1.06, p5-Class-AutoClass-1.01, p5-Class-C3-0.21, p5-Class-Data-Inheritable-0.08, p5-Class-MOP-0.94, p5-Clone-0.31, p5-Compress-Raw-Zlib-2.021, p5-Compress-Zlib-2.015, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Convert-Binary-C-0.74, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.012, p5-DBI-1.60.9, p5-Data-OptList-0.104, p5-Data-Stag-0.11, p5-Devel-GlobalDestruction-0.02, p5-Devel-StackTrace-1.22, p5-Digest-MD5-2.39, p5-Digest-SHA1-2.12, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17015, p5-Exception-Class-1.29, p5-ExtUtils-CBuilder-0.27,1, p5-ExtUtils-ParseXS-2.21, p5-File-NFSLock-1.20, p5-File-Temp-0.22, p5-GD-2.44, p5-GD-SVG-0.33_1, p5-Graph-0.91,1, p5-GraphViz-2.04_1, p5-HTML-Parser-3.64, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-Heap-0.80, p5-IO-Compress-Base-2.015, p5-IO-Compress-Zlib-2.015, p5-IO-Socket-SSL-1.31, p5-IO-String-1.08, p5-IO-Tty-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-Run-0.84, p5-IPC-ShareLite-0.17, p5-List-MoreUtils-0.25.02, p5-MIME-Lite-3.02.7, p5-MIME-Tools-5.427_1,2, p5-MIME-Types-1.28, p5-MRO-Compat-0.11, p5-Mail-Tools-2.04, p5-Math-Random-0.71, p5-Module-Build-0.35, p5-Moose-0.92, p5-Net-SSLeay-1.35_2, p5-OLE-Storage_Lite-0.18, p5-Params-Util-1.00, p5-Parse-RecDescent-1.962.2, p5-PostScript-0.06, p5-SOAP-Lite-0.710.08_1, p5-SVG-2.49, p5-SVG-Graph-0.02, p5-Scalar-List-Utils-1.21,1, p5-Scope-Guard-0.03, p5-Set-Scalar-1.24, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.49,1, p5-Storable-2.21, p5-Sub-Exporter-0.982, p5-Sub-Install-0.925, p5-Sub-Name-0.04, p5-Task-Weaken-1.03, p5-Test-Harness-3.17, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-ParseWords-3.27, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-TimeDate-1.16,1, p5-Try-Tiny-0.02, p5-URI-1.40, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-DOM-XPath-0.14, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.10, p5-XML-Parser-2.36_1, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.96, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.52, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.606, p5-XML-XPath-1.13, p5-XML-XPathEngine-0.12, p5-YAML-0.70, p5-bioperl-1.6.0_1, p5-libwww-5.833, p5-libxml-0.08, p5-version-0.78, perl-5.8.9_3, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
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p5-Bio-SCF-1.01
Read and Update SCF Chromatographic Sequence Files
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保守担当者: wenheping@gmail.com
必要なもの: io_lib-1.12.1, perl-5.8.9_3
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p5-bioperl-1.6.0_1
生物情報学用の perl モジュールコレクション
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: expat-2.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gd-2.0.35_2,1, gettext-0.17_1, graphviz-2.24.0_1, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.13.1, libltdl-2.2.6a_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, mysql-client-5.0.87, p5-AcePerl-1.92, p5-Algorithm-C3-0.08, p5-Algorithm-Munkres-0.08, p5-Array-Compare-2.01, p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.091, p5-Cache-2.04_1, p5-Cache-Cache-1.06, p5-Class-AutoClass-1.01, p5-Class-C3-0.21, p5-Class-MOP-0.94, p5-Clone-0.31, p5-Compress-Raw-Zlib-2.021, p5-Compress-Zlib-2.015, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Convert-Binary-C-0.74, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.012, p5-DBI-1.60.9, p5-Data-OptList-0.104, p5-Data-Stag-0.11, p5-Devel-GlobalDestruction-0.02, p5-Digest-MD5-2.39, p5-Digest-SHA1-2.12, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17015, p5-ExtUtils-CBuilder-0.27,1, p5-ExtUtils-ParseXS-2.21, p5-File-NFSLock-1.20, p5-File-Temp-0.22, p5-GD-2.44, p5-GD-SVG-0.33_1, p5-Graph-0.91,1, p5-GraphViz-2.04_1, p5-HTML-Parser-3.64, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-Heap-0.80, p5-IO-Compress-Base-2.015, p5-IO-Compress-Zlib-2.015, p5-IO-Socket-SSL-1.31, p5-IO-String-1.08, p5-IO-Tty-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-Run-0.84, p5-IPC-ShareLite-0.17, p5-List-MoreUtils-0.25.02, p5-MIME-Lite-3.02.7, p5-MIME-Tools-5.427_1,2, p5-MIME-Types-1.28, p5-MRO-Compat-0.11, p5-Mail-Tools-2.04, p5-Math-Random-0.71, p5-Module-Build-0.35, p5-Moose-0.92, p5-Net-SSLeay-1.35_2, p5-OLE-Storage_Lite-0.18, p5-Params-Util-1.00, p5-Parse-RecDescent-1.962.2, p5-PostScript-0.06, p5-SOAP-Lite-0.710.08_1, p5-SVG-2.49, p5-SVG-Graph-0.02, p5-Scalar-List-Utils-1.21,1, p5-Scope-Guard-0.03, p5-Set-Scalar-1.24, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.49,1, p5-Storable-2.21, p5-Sub-Exporter-0.982, p5-Sub-Install-0.925, p5-Sub-Name-0.04, p5-Task-Weaken-1.03, p5-Test-Harness-3.17, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-ParseWords-3.27, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-TimeDate-1.16,1, p5-Try-Tiny-0.02, p5-URI-1.40, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-DOM-XPath-0.14, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.10, p5-XML-Parser-2.36_1, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.96, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.52, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.606, p5-XML-XPath-1.13, p5-XML-XPathEngine-0.12, p5-YAML-0.70, p5-libwww-5.833, p5-libxml-0.08, p5-version-0.78, perl-5.8.9_3, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
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p5-bioperl-run-1.6.1_1
Wrapper modules for common bioinformatics tools
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: expat-2.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gd-2.0.35_2,1, gettext-0.17_1, graphviz-2.24.0_1, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.13.1, libltdl-2.2.6a_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, mysql-client-5.0.87, p5-AcePerl-1.92, p5-Algorithm-C3-0.08, p5-Algorithm-Diff-1.1902, p5-Algorithm-Munkres-0.08, p5-Array-Compare-2.01, p5-Bio-ASN1-EntrezGene-1.091, p5-Cache-2.04_1, p5-Cache-Cache-1.06, p5-Class-AutoClass-1.01, p5-Class-C3-0.21, p5-Class-MOP-0.94, p5-Clone-0.31, p5-Compress-Raw-Zlib-2.021, p5-Compress-Zlib-2.015, p5-Convert-BinHex-1.119, p5-Convert-Binary-C-0.74, p5-Crypt-SSLeay-0.57, p5-DBD-mysql-4.012, p5-DBI-1.60.9, p5-Data-OptList-0.104, p5-Data-Stag-0.11, p5-Devel-GlobalDestruction-0.02, p5-Digest-MD5-2.39, p5-Digest-SHA1-2.12, p5-Email-Date-Format-1.002, p5-Error-0.17015, p5-ExtUtils-CBuilder-0.27,1, p5-ExtUtils-ParseXS-2.21, p5-File-NFSLock-1.20, p5-File-Temp-0.22, p5-GD-2.44, p5-GD-SVG-0.33_1, p5-Graph-0.91,1, p5-GraphViz-2.04_1, p5-HTML-Parser-3.64, p5-HTML-Tagset-3.20, p5-HTML-Tree-3.23, p5-Heap-0.80, p5-IO-Compress-Base-2.015, p5-IO-Compress-Zlib-2.015, p5-IO-Socket-SSL-1.31, p5-IO-String-1.08, p5-IO-Tty-1.08, p5-IO-stringy-2.110, p5-IPC-Run-0.84, p5-IPC-ShareLite-0.17, p5-List-MoreUtils-0.25.02, p5-MIME-Lite-3.02.7, p5-MIME-Tools-5.427_1,2, p5-MIME-Types-1.28, p5-MRO-Compat-0.11, p5-Mail-Tools-2.04, p5-Math-Random-0.71, p5-Module-Build-0.35, p5-Moose-0.92, p5-Net-SSLeay-1.35_2, p5-OLE-Storage_Lite-0.18, p5-Params-Util-1.00, p5-Parse-RecDescent-1.962.2, p5-PostScript-0.06, p5-SOAP-Lite-0.710.08_1, p5-SVG-2.49, p5-SVG-Graph-0.02, p5-Scalar-List-Utils-1.21,1, p5-Scope-Guard-0.03, p5-Set-Scalar-1.24, p5-Spreadsheet-ParseExcel-0.49,1, p5-Storable-2.21, p5-Sub-Exporter-0.982, p5-Sub-Install-0.925, p5-Sub-Name-0.04, p5-Task-Weaken-1.03, p5-Test-Harness-3.17, p5-Text-Iconv-1.7, p5-Text-ParseWords-3.27, p5-Text-Shellwords-1.08, p5-Tie-IxHash-1.21, p5-TimeDate-1.16,1, p5-Try-Tiny-0.02, p5-URI-1.40, p5-XML-DOM-1.44, p5-XML-DOM-XPath-0.14, p5-XML-Filter-BufferText-1.01, p5-XML-Handler-YAWriter-0.23, p5-XML-NamespaceSupport-1.10, p5-XML-Parser-2.36_1, p5-XML-RegExp-0.03, p5-XML-SAX-0.96, p5-XML-SAX-Expat-0.40, p5-XML-SAX-Writer-0.52, p5-XML-Simple-2.18, p5-XML-Twig-3.32, p5-XML-Writer-0.606, p5-XML-XPath-1.13, p5-XML-XPathEngine-0.12, p5-YAML-0.70, p5-bioperl-1.6.0_1, p5-libwww-5.833, p5-libxml-0.08, p5-version-0.78, perl-5.8.9_3, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
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paml-4.3
最尤法による系統学的解析 (PAML)
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phd2fasta-0.990622.f
A converter from output files of Phred/Consed to FASTA files
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phrap-0.990329
Phrap is a program for assembling shotgun DNA sequence data
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phred-0.020425.c
Base calling and quality value assignment on DNA sequencing
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phylip-3.69,1
系統推論パッケージ
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: bash-4.0.33_2, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXt-1.0.5_1, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, pkg-config-0.23_1, printproto-1.0.4, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15

phyml-20090706
A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ben@sysadminschronicles.com
必要なもの: autoconf-2.62, autoconf-wrapper-20071109, automake-1.10.1, automake-wrapper-20071109, m4-1.4.13,1, perl-5.8.9_3

platon-2007.01.09_4
PLATON は結晶学のツールの一つです
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gcc-4.4.3.20091103, kbproto-1.0.3, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libgmp-4.3.1, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, mpfr-2.4.1_1, pkg-config-0.23_1, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xproto-7.0.15

povchem-1.0_3
PDB ファイルから POV を生成するシンプルで強力なツール
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, povray-3.6.1_5, python26-2.6.2_3, svgalib-1.4.3_5, tiff-3.9.2, xcb-proto-1.5, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Graphics

primer3-1.1.3
Primer3 helps to choose primers for PCR reactions
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

protomol-2.0.3_4
OO, component based, framework for molecular dynamics (MD) simulations
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: sangwoos@gmail.com
必要なもの: damageproto-1.1.0_2, dri2proto-2.0, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, inputproto-1.5.0, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXi-1.2.1,1, libXmu-1.0.4,1, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libglut-7.4.4, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, python26-2.6.2_3, tiff-3.9.2, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xproto-7.0.15

psi88-1.0_3
波動関数(分子軌道)を三次元にプロットする
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gcc-4.4.3.20091103, libgmp-4.3.1, libiconv-1.13.1, mpfr-2.4.1_1

py26-biopython-1.51
生物情報学用の python モジュールコレクション
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: blas-1.0_4, gcc-4.4.3.20091103, lapack-3.2.1_1, libgmp-4.3.1, libiconv-1.13.1, mpfr-2.4.1_1, py26-mx-base-3.1.2, py26-nose-0.10.4, py26-numpy-1.3.0_2,1, py26-reportlab-1.21.2_2, py26-setuptools-0.6c9, python26-2.6.2_3
ここにも含まれています: Python

pycogent-1.3.1
A toolkit for statistical analysis of biological sequences
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: wenheping@gmail.com
必要なもの: blas-1.0_4, cython-0.11.3, gcc-4.4.3.20091103, gettext-0.17_1, lapack-3.2.1_1, libgmp-4.3.1, libiconv-1.13.1, mpfr-2.4.1_1, mysql-client-5.0.87, postgresql-client-8.2.13, py26-Jinja2-2.1.1, py26-MySQLdb-1.2.2, py26-docutils-0.5, py26-nose-0.10.4, py26-numpy-1.3.0_2,1, py26-psycopg2-2.0.13, py26-pygments-1.1, py26-pysqlite-2.3.5, py26-setuptools-0.6c9, py26-sphinx-0.6.3, py26-sqlalchemy-0.5.5, python26-2.6.2_3, sqlite3-3.6.19
ここにも含まれています: Python

pymol-1.0r2_3
Free and Open-Source molecular modeling system
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保守担当者: maho@FreeBSD.org
必要なもの: blt-2.4z_2, damageproto-1.1.0_2, dri2proto-2.0, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, inputproto-1.5.0, kbproto-1.0.3, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.2.1,1, libXmu-1.0.4,1, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libglut-7.4.4, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, py26-Pmw-1.3.2, py26-numeric-24.2_3, py26-tkinter-2.6.2_3, python26-2.6.2_3, renderproto-0.9.3, tcl-8.4.19_3,1, tcl-8.5.7_1, tcl-modules-8.5.7, tk-8.4.19_2,2, tk-8.5.7, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Python

rasmol-2.7.2.1.1_3
高速分子可視化プログラム
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gccmakedep-1.0.2, imake-1.0.2_4,1, inputproto-1.5.0, kbproto-1.0.3, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXi-1.2.1,1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, makedepend-1.0.1,1, perl-5.8.9_3, pkg-config-0.23_1, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xorg-cf-files-1.0.2_3, xproto-7.0.15

raster3d-2.7.d_2
A set of tools for generating raster images of proteins and molecules
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: shaun@FreeBSD.org
必要なもの: ImageMagick-6.5.5.10, cups-client-1.3.10_4, cups-image-1.3.10_4, expat-2.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gamin-0.1.10_3, gettext-0.17_1, ghostscript8-8.64_7, gio-fam-backend-2.20.5, glib-2.20.5, gnutls-2.8.3, gsfonts-8.11_5, jasper-1.900.1_8, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, lcms-1.18a_1,1, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXt-1.0.5_1, libfpx-1.2.0.12_1, libgcrypt-1.4.4, libgpg-error-1.7, libiconv-1.13.1, liblqr-1-0.4.1, libltdl-2.2.6a_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, pcre-8.00, perl-5.8.9_3, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, python26-2.6.2_3, tiff-3.9.2, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15
ここにも含まれています: Graphics

recombine-1.41
A program to fit population models across sites
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保守担当者: ports@FreeBSD.org

ruby18-bio-1.1.0
Integrated environment for Bioinformatics written in Ruby
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保守担当者: mauricio@arareko.net
必要なもの: ruby+nopthreads-1.8.7.160_5,1
ここにも含まれています: Ruby

seaview-2006.02.13_4
多重 DNA 配列の整列編集
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: damageproto-1.1.0_2, dri2proto-2.0, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, fltk-1.1.9_1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXrender-0.9.4_1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, pdflib-7.0.4, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, python26-2.6.2_3, renderproto-0.9.3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xproto-7.0.15

seqio-1.2.2_1
A set of C functions which can read/write biological sequence files
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保守担当者: ports@FreeBSD.org

sim4-2003.09.21
抽出した DNA をゲノム配列で整列するアルゴリズム
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ssaha-3.1c_1
Very fast matching and alignment of DNA sequences
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1

tRNAscan-SE-1.23_1
An improved tool for transfer RNA detection
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: perl-5.8.9_3

t_coffee-5.68
A multiple DNA or protein sequence alignment package
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保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar
必要なもの: clustalw-2.0.6

tinker-4.2.20040908_4
汎用分子モデリングパッケージ
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保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gcc-4.4.3.20091103, libgmp-4.3.1, libiconv-1.13.1, mpfr-2.4.1_1

treepuzzle-5.2
Maximum likelihood phylogeny reconstruction using quartets
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保守担当者: jan.lentfer@web.de

treeviewx-0.5.1_4
A phylogenetic tree viewer
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
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必要なもの: ORBit2-2.14.17, atk-1.26.0, bitstream-vera-1.10_4, cairo-1.8.8,1, compositeproto-0.4, damageproto-1.1.0_2, dbus-1.2.4.6_1, dbus-glib-0.82, dri2proto-2.0, encodings-1.0.2,1, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, font-bh-ttf-1.0.0, font-misc-ethiopic-1.0.0, font-misc-meltho-1.0.0_1, font-util-1.0.1, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gamin-0.1.10_3, gconf2-2.26.2_1, gettext-0.17_1, gio-fam-backend-2.20.5, glib-2.20.5, gmake-3.81_3, gnome_subr-1.0, gnomehier-2.3_12, gstreamer-0.10.24, gstreamer-plugins-0.10.24,3, gtk-2.16.6, hicolor-icon-theme-0.10_2, inputproto-1.5.0, jasper-1.900.1_8, jbigkit-1.6, jpeg-7, kbproto-1.0.3, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libIDL-0.8.13, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXcomposite-0.4.0,1, libXcursor-1.1.9_1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.2.1,1, libXinerama-1.0.3,1, libXrandr-1.3.0, libXrender-0.9.4_1, libXv-1.0.4,1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libfontenc-1.0.4, libiconv-1.13.1, libmspack-0.0.20060920, liboil-0.3.16, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, mkfontdir-1.0.4, mkfontscale-1.0.6, pango-1.24.5, pcre-8.00, perl-5.8.9_3, pixman-0.16.0, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, policykit-0.9_5, popt-1.14, python26-2.6.2_3, randrproto-1.3.0, renderproto-0.9.3, shared-mime-info-0.60_1, tiff-3.9.2, videoproto-2.2.2, wxgtk2-2.8.10_1, wxgtk2-common-2.8.10_1, wxgtk2-contrib-2.8.10_1, wxgtk2-contrib-common-2.8.10_1, xcb-proto-1.5, xcb-util-0.3.6_1, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xorg-fonts-truetype-7.4, xproto-7.0.15

velvet-0.7.55
Sequence assembler for very short reads
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: mzaki@m.u-tokyo.ac.jp
必要なもの: gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, libiconv-1.13.1, perl-5.8.9_3, python26-2.6.2_3

wise-2.2.0
Intelligent algorithms for DNA searches
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org

wu-blast-2.0_20060322
WU BLAST, a software package for sequence similarity searches
詳しい説明 | ソース | Main Web Site
保守担当者: fernan@iib.unsam.edu.ar

xdrawchem-1.9.9_7
化学のお絵書きツール
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: hemi@puresimplicity.net
必要なもの: boost-libs-1.39.0, boost-python-libs-1.39.0, cups-client-1.3.10_4, damageproto-1.1.0_2, dri2proto-2.0, expat-2.0.1, fixesproto-4.0, fontconfig-2.6.0,1, freetype2-2.3.9_1, gccxml-0.6.0, gettext-0.17_1, gmake-3.81_3, gnutls-2.8.3, icu-3.8.1_2, inputproto-1.5.0, jpeg-7, kbproto-1.0.3, lcms-1.18a_1,1, libGL-7.4.4, libGLU-7.4.4, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXaw-1.0.5_1,1, libXdamage-1.1.1, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXfixes-4.0.3_1, libXft-2.1.13, libXi-1.2.1,1, libXinerama-1.0.3,1, libXmu-1.0.4,1, libXp-1.0.0,1, libXpm-3.5.7, libXrender-0.9.4_1, libXt-1.0.5_1, libXxf86vm-1.0.2, libdrm-2.4.12, libgcrypt-1.4.4, libgpg-error-1.7, libiconv-1.13.1, libmng-1.0.10_1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, libxml2-2.7.6, nas-1.9.1_3, openbabel-2.2.2, pkg-config-0.23_1, png-1.2.40, printproto-1.0.4, py26-elementtree-1.2.6_1, python26-2.6.2_3, qt-3.3.8_10, renderproto-0.9.3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xf86vidmodeproto-2.2.2, xineramaproto-1.1.2, xproto-7.0.15

xmolwt-0.7_4
与えられた分子式から分子量や各元素のパーセントを計算する
詳しい説明 | パッケージ | ソース | Main Web Site
保守担当者: ports@FreeBSD.org
必要なもの: gettext-0.17_1, glib-1.2.10_13, gmake-3.81_3, gtk-1.2.10_21, inputproto-1.5.0, kbproto-1.0.3, libICE-1.0.4_1,1, libSM-1.1.0_1,1, libX11-1.2.1_1,1, libXau-1.0.4, libXdmcp-1.0.2_1, libXext-1.0.5,1, libXi-1.2.1,1, libiconv-1.13.1, libpthread-stubs-0.3, libxcb-1.4, perl-5.8.9_3, pkg-config-0.23_1, python26-2.6.2_3, xcb-proto-1.5, xextproto-7.0.5, xproto-7.0.15

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